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季节性波动对肠道微生物组组成、多样性和功能的影响是否对难以消化饮食的动物构成重大挑战仍知之甚少。在这里，我们使用<i>Rhinopithecus roxellana</i>，以深入了解季节性变化如何影响微生物组组成、多样性和功能。我们重建了 578 个宏基因组组装基因组 （MAG），其中 76.5% 在参考数据库中没有完全匹配，突出了其肠道微生物群的新颖性。在夏季，它们的肠道微生物组表现出高度多样性，并富含代谢植物次生化合物的途径。在冬季，它富含降解地衣多糖和毛螺菌科的酶，这对能量平衡至关重要。坚持饮食的圈养猴子表现出最小的季节性变化。栖息地的变化也影响了微生物群落组装和碳循环途径。这些发现强调了肠道微生物组在不同环境条件下满足宿主饮食需求方面的可塑性。