不同年龄段小鼠耳蜗组织sEV microRNA转录组学
收藏干细胞与再生医学数据中心2023-05-11 更新2024-03-06 收录
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资源简介：
一、分离不同年龄段小鼠耳蜗组织sEV
从出生后3、7、14、21天的FVB小鼠耳蜗组织，通过超速离心分离出sEV。分别利用2000g，12000g，最后用110000g分离出sEV。
二、耳蜗组织sEV的鉴定
首先利用透射电镜和纳米粒子追踪系统对sEV的形态和大小进行表征。随后，利用western blot技术对sEV标志性蛋白进行CD63，CD9，Tsg101进行了检测。最后，采用免疫荧光的方式检测了CD63和CD9在耳蜗组织中的表达。
三、RNA提取和RT-PCR
利用Trizol法从sEV中分离出RNA，随后用miRNA first-strand cDNA synthesis kit将RNA逆转为cDNA，最后用miRNA Universal SYBR qPCR Master Mix对获得的cDNA进行定量PCR去检测miRNA表达量。
四、小RNA测序和分析
用2 μgRNA单个样本(n = 3)作为样本量进行小RNA-seq建库。测序文库使用NEBNext®多重小RNA创建Illumina®(NEB, USA)的Library Prep Set和miRNA数据通过FASTQC (v 0.11.5)进行评估。序列使用Bowtie2 (v 2.2.5)与MirBase v22.1的基因组比对(http:// www. mirba se. org/)。使用DIANA-279 miRPath v.3评估miRNA富集途径，使用GO和KEGG分析研究功能注释和途径富集。
提供机构：
东南大学
创建时间：
2023-05-11
