Данные и код для анализа сообществ симбиотрофных грибов болотных и лесных местообитаний

Данный депозитарий содержит исходные данные, метаданные и код для анализа структуры сообществ симбиотрофных грибов (микоризные, эндофиты и эпифиты) в болотных и лесных экосистемах. Содержимое: data.csv — таблица встречаемости таксонов (OTU) по образцам, используемая для анализа альфа- и бета-разнообразия, а также для построения кривых накопления видов. guilds_curated_binary.csv — бинарная матрица распределения таксонов по экологическим группам (эктомикоризные, арбускулярные микоризные, орхидные микоризные, эрикоидные микоризные, эндомикоризные, эндофиты, эпифиты и лихенизированные грибы), полученная с помощью скрипта FunGuilds и доработанная вручную. metadata.csv — метаданные образцов с указанием типа площадки (plot), описанием местообитания и другой сопутствующей информацией. Анализ_сообществ_микоризных_грибов_код_для_анализа_данных.ipynb — Jupyter Notebook с полным кодом для воспроизведения всех анализов, представленных в статье: PERMANOVA, анализ индикаторных видов, кривые накопления таксонов, визуализация матриц перекрытий и тепловых карт. Методы: Анализ выполнен с использованием языка Python (библиотеки pandas, numpy, scipy, matplotlib, seaborn, scikit-learn) и специализированных инструментов для экологического анализа. Все вычисления полностью воспроизводимы.