Hybrydy transmitochondrialne jako model komórkowy do badania selekcji haplotypów mitochondrialnego DNA

Celem projektu było sprawdzenie czy możliwe jest uzyskanie ludzkich linii komórkowych niosących mieszaninę haplotypów mtDNA różniących się sekwencją w wielu pozycjach, jednak nie niosących wariantów patogennych (na wzór badań prowadzonych na myszach), oraz czy będzie występować w nich zjawisko selekcji mtDNA.Do konstrukcji cybryd, posiadających mieszaninę dwóch haplotypów mtDNA, wykorzystano linię komórek ludzkich 143B pozbawionych mtDNA (ρ0) oraz bezjądrzaste płytki krwi (jako cytoplasty) pozyskane od czterech osób z różnymi haplotypami mtDNA, o różnej odległości genetycznej. Poszczególne klony komórek sprawdzono w kierunku obecności heteroplazmii mtDNA. Heteroplazmię mtDNA monitorowano przez kolejne pasaże w trakcie hodowli.Wstępną ocenę przeprowadzono przy użyciu sekwencjonowania wybranego odcinka mtDNA metodą Sangera, a następnie wykonano dokładną analizę przy użyciu głębokiego, wysokoprzepustowego sekwencjonowania całego mtDNA.Dane z wysokoprzepustowego sekwencjonowania mtDNA występują w postaci surowych plików .fastq.gz, mapowań .bam i .bam.bai oraz list zidentyfikowanych wariantów w postaci plików .xlsx dla poszczególnych klonów komórkowych.Wyniki z sekwencjonowania wybranego odcinka mitochondrialnego DNA metodą Sangera dla poszczególnych klonów komórkowych występują w postaci plików .ab1.Wyniki z sekwencjonowania wybranego odcinka mitochondrialnego DNA metodą Sangera dla dwóch heteroplazmatycznych klonów komórkowych z kolejnych pasaży występują w postaci plików .ab z dopiskami P2-P7 w nazwie.