典型多肽水溶液中聚集作用的分子模拟数据集

设计合成典型的多肽表面活性剂分子AnK (n=5/6/7/8)，进行显式水模型分子动力学模拟。将40个AnK (n=5/6/7/8)分子分别随机放置于体积为83 nm3的立方体盒子中，并用水分子和抗衡离子填充。盒子的边界做了周期性处理。在模拟前采用最速下降法对初始结构进行50 ps的驰豫，然后对体系做100 ps的300 K的NVT系综后，再进行20 ns的NPT系综。计算中，化学键的键长采用LINCS算法固定。长程静电作用和短程静电作用分别采用PME算法和库伦公式计算，截断半径和范德华作用的截断半径都为1nm，计算时间步长为2 fs。体系采用Berendsen控温法控制在300 K，体系压力采用Parrinello-Rahman方法控制恒压在1 bar，控压常数为2 ps。并对A6K在不同pH条件下的组装行为进行了模拟，数据量513MB。