The gut microbiota data of hyperuricemia by influence of fucoidan
收藏DataCite Commons2025-04-29 更新2025-05-18 收录
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资源简介:
收集新鲜粪便样品,立即在液氮中冷冻,并在 -80 °C 下保存。 从每组随机选择的 5 只小鼠的粪便中提取基因组 DNA。扩增 16S rRNA 基因的 V3-V4 区,所得产物储存在 Majorbio Bio-Pharm Technology Co. Ltd.。使用 Illumina MiSeq 平台进行测序,并使用 QIIME2 数据分析工作流程或 Vsearch 软件进行序列去噪或作分类单元 (OTU) 聚类。使用 Majorbio Cloud 平台对肠道微生物群进行生物信息学分析。计算 α 多样性指数以评估细菌的丰富度和均匀度。采用加权主坐标分析 (PCoA) 来可视化组间肠道微生物群落结构的差异,并在 Bray-Curtis 上进行差异以确定组间的统计显着性。此外,线性判别分析 (LDA) 效应大小 (LEfSe) 用于识别显著富集的细菌类群。 PICRUSt2 (Phylogenetic investigation of communities by Reconstruction of Unobserved States) 用于基于 OTU 代表性序列预测宏基因组功能。KO、通路和酶 (EC) 信息来自京都基因与基因组百科全书 (KEGG) 通路数据库,并根据 OTU 丰度计算每个功能类别的丰度。
提供机构:
Science Data Bank
创建时间:
2025-04-29



