HeLa细胞在紫外线辐射条件下的磷酸化质谱数据集

为了更好地了解细胞对DNA损伤的反应，我们用高灵敏度的质谱法对HeLa细胞的磷酸化进行了比较性的蛋白质组学研究。共确定了2100个蛋白质的4367个磷酸化位点，其中许多位点以前未曾报道过。
收获的 ""重 ""和 ""轻 ""标记的细胞分别用2×NETN缓冲液（200mM NaCl, 100mM Tris-Cl, 2mM EDTA, 1.0 % NP-40, pH 7.2）在冰上裂解30分钟。在4℃下20,000×g离心10分钟后，保存上清液。所得的MS/MS数据用MaxQuant和集成的Andromeda搜索引擎（v.1.4.1.2）处理。串联质谱数据在SwissProt_human数据库（20,274个序列）和反向诱饵数据库进行了搜索。裂解酶使用的是Trypsin/P，允许最多2个缺失的裂解，每条肽有4个修饰和5个电荷。前体离子的质量误差为20ppm，碎片离子的质量误差为0.02Da。半胱氨酸上的氨基甲基化被指定为固定修饰，蛋氨酸上的氧化，丝氨酸上的磷酸化被指定为可变修饰。蛋白质、肽和修饰位点的错误发现率（FDR）阈值为1%。MaxQuant中的所有其他参数保持默认值。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集通过高灵敏度质谱法对HeLa细胞在紫外线辐射条件下的磷酸化进行蛋白质组学研究，旨在解析细胞对DNA损伤的反应机制。它共鉴定出2100个蛋白质的4367个磷酸化位点，其中包含许多新发现的位点，数据由浙江大学团队创建并发布。