ENCORI/starBase

ENCORI/starBase is an openly licensed and state-of-the-art platform to facilitate the integrative, interactive and versatile display of, as well as the comprehensive annotation and discovery of, RNA-RNA and protein-RNA interactions by developing new software and pipelines to deeply mining thousands of high-throughput sequencing data of RNA-RNA interactome, CLIP-seq and degradome sequencing (degradome-seq).

ENCORI/starBase 是一款采用开源许可的前沿平台，通过开发新型软件与分析流程，深度挖掘数千套RNA-RNA互作组、CLIP测序（CLIP-seq）及降解组测序（degradome-seq）的高通量测序数据，从而助力实现RNA-RNA与蛋白质-RNA相互作用的整合式展示、交互式呈现与多用途可视化，并完成对这些相互作用的全面注释与挖掘发现。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

ENCORI/starBase是一个全面的RNA相互作用图谱，整合了通过rbsSeeker和rriScan算法识别的高精度RNA相互作用，揭示了RNA互作组的功能和机制。该数据集包含来自32种癌症类型的基因表达数据，支持泛癌分析，并提供了数百万个RNA-RNA和RBP-RNA相互作用，涵盖miRNA、lncRNA、mRNA等多种RNA类型，具有重要的临床和科研价值。