PlantRep

Plantrep provides re-annotated repeat sequences of plant using a uniform pipeline. The current version of plantrep contains 206.04Gb of 396,041,410 repeats from 459 species that were divided into 15 clades based on their phylogeny: algae, bryophyte, lycophytes, fern, gymnosperms, ANA (early angiosperms), magnolids, monocots, base eudicots, super rosids, fabids, malvid, super asterids, lamiids, and campanulids. The general characteristics and consensus sequences of repeats of each plant can be browsed and accessed on this website.Plantrep数据集采用统一流程对植物重复序列进行了重新注释。当前版本的Plantrep数据集涵盖了来自459个物种的396,041,410条重复序列，总数据量达206.04吉字节（Gb）；该数据集依据系统发育关系将这些物种划分为15个演化支：藻类、苔藓植物、石松植物、蕨类植物、裸子植物、ANA类群（早期被子植物）、木兰类、单子叶植物、基部真双子叶植物、超蔷薇类、豆亚纲、锦葵亚纲、超菊类、唇形亚纲以及桔梗亚纲。用户可通过本网站浏览并获取每种植物重复序列的基本特征及其一致序列。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

PlantRep是一个植物重复序列数据集，通过统一流程对459个物种的约3960万条重复序列进行重新注释，总数据量为206.04Gb，并按系统发育分为15个进化支。该数据集提供每个植物重复序列的一般特征和共有序列，支持在线浏览和访问，适用于植物基因组重复序列分析研究。