微环境特异性富集策略实现溶酶体蛋白质组学动态分析的相关数据

溶酶体作为负责降解、回收利用和维持细胞稳态的关键细胞器，深刻影响着信号传导与代谢进程。解析溶酶体蛋白质组的动态变化是理解其功能的核心，然而酸性微环境与低丰度特性使蛋白质组学分析面临挑战。为此，本研究开发了一种可靶向溶酶体的反应性二氮杂环丙烷分子MDA，并验证其在溶酶体微环境中增强的标记能力。进一步地，我们提出了一种新型微环境特异性富集策略，通过将基于MDA的标记技术与亲和富集相结合，实现了活细胞内溶酶体蛋白质组的精准分析。该策略成功应用于SH-SY5Y活细胞溶酶体蛋白质组的解析，共鉴定到132个溶酶体注释蛋白。通过将微环境特异性富集策略与数据非依赖性采集技术联用，我们系统探究了四种蛋白酶体制制剂作用下溶酶体蛋白质组对泛素-蛋白酶体系统抑制的动态响应，共发现117个与泛素-蛋白酶体系统抑制相关的溶酶体蛋白，揭示了其在应激响应和细胞周期调控中的重要作用。值得注意的是，不同抑制剂处理呈现差异性的蛋白质组特征谱，表明溶酶体对泛素-蛋白酶体系统抑制存在特异性响应机制。综上，本研究建立的微环境特异性富集策略为动态溶酶体蛋白质组研究提供了有力工具，不仅深化了对细胞稳态调控与疾病机制的理解，也为开发靶向溶酶体的新型治疗策略开辟了新途径。