Data used for Benchmarking Cenote-Taker 3

data ├── annotation │ ├── gut_dtrs │ │ ├── contigs │ │ │ ├── gut_dtr_head_tail_contigs.txt │ │ │ └── gut_dtr_head_tail_contigs1.fna │ │ ├── ct3 │ │ │ ├── ct3_g_dtr_ht_1b_virus_summary.tsv │ │ │ └── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv │ │ ├── genomad │ │ │ ├── gut_dtr_head_tail_contigs1_genes.tsv │ │ │ └── gut_dtr_head_tail_contigs1_taxonomy.tsv │ │ ├── gut_ct3_vs_genomad │ │ │ ├── ct3_genomad_annotation_compare.tsv │ │ │ ├── ct3_genomad_virion_disagree1.tsv │ │ │ ├── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv │ │ │ ├── gut_ct3_vs_genomad.Rmd │ │ │ ├── gut_ct3_vs_genomad.nb.html │ │ │ └── gut_dtr_ct3_virion_contigs_genes.tsv │ │ ├── metc │ │ │ └── final_annotation_summary.tsv │ │ ├── pharokka │ │ │ └── pharokka_cds_final_merged_output.tsv │ │ └── phold │ │ └── phold_per_cds_predictions.tsv │ ├── seawater_dtrs │ │ ├── contigs │ │ │ ├── seawater_dtr_headtail_contigs.fna │ │ │ └── seawater_dtr_headtail_contigs.txt │ │ ├── ct3 │ │ │ ├── ct3_s_dtr_ht_1a_virus_summary.tsv │ │ │ └── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv │ │ ├── genomad │ │ │ ├── seawater_dtr_headtail_contigs_genes.tsv │ │ │ └── seawater_dtr_headtail_contigs_taxonomy.tsv │ │ ├── metc │ │ │ └── final_annotation_summary.tsv │ │ ├── pharokka │ │ │ └── pharokka_cds_final_merged_output.tsv │ │ ├── phold │ │ │ └── phold_per_cds_predictions.tsv │ │ └── sea_ct3_vs_genomad │ │ ├── ct3_genomad_annotation_compare.tsv │ │ ├── ct3_genomad_virion_disagree1.tsv │ │ ├── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv │ │ ├── sea_ct3_vs_genomad1.Rmd │ │ ├── sea_ct3_vs_genomad1.nb.html │ │ ├── seawater_dtr_ct3_virion_contigs.fasta │ │ └── seawater_dtr_ct3_virion_contigs_genes.tsv │ ├── seawater_rna_virome │ │ ├── contigs │ │ │ └── hq_complete_genomes.PRJNA605028.fna │ │ ├── ct3 │ │ │ ├── ct3_PRJNA605028_a_virus_summary.tsv │ │ │ └── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv │ │ ├── genomad │ │ │ └── hq_complete_genomes.PRJNA605028_genes.tsv │ │ ├── metc │ │ │ └── final_annotation_summary.tsv │ │ ├── pharokka │ │ │ └── pharokka_cds_final_merged_output.tsv │ │ └── phold │ │ └── phold_per_cds_predictions.tsv │ └── uhgv │ ├── contigs │ │ ├── first_1000_uhgv_votus.fna │ │ └── first_100_uhgv_votus.fna │ ├── ct3 │ │ ├── ct3_uhgv100_1a_virus_summary.tsv │ │ └── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv │ ├── genomad │ │ ├── first_100_uhgv_votus_genes.tsv │ │ └── first_100_uhgv_votus_taxonomy.tsv │ ├── metc │ │ └── final_annotation_summary.tsv │ ├── pharokka │ │ └── pharokka_cds_final_merged_output.tsv │ ├── phold │ │ └── phold_per_cds_predictions.tsv │ └── pipeline_time_data1.xlsx └── discovery ├── DRR290133 │ ├── contigs │ │ ├── DRR290133_myloasm_1a.circ.fna │ │ ├── DRR290133_unique_calls.ct3.fna │ │ ├── DRR290133_unique_calls.genomad.fna │ │ ├── ct3_only_contigs.txt │ │ └── genomad_only_contigs.txt │ ├── ct3 │ │ ├── ct3_DRR290133_1b_prune_summary.tsv │ │ ├── ct3_DRR290133_1b_virus_summary.tsv │ │ ├── ct3_only_contigs.txt │ │ └── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv │ ├── genomad │ │ ├── DRR290133_myloasm_1a.circ_with_dtr_virus_genes.tsv │ │ ├── DRR290133_myloasm_1a.circ_with_dtr_virus_summary.tsv │ │ └── genomad_only_contigs.txt │ └── phold_annotations │ ├── ct3_DRR290133_1b_294_phold1 │ │ ├── phold_all_cds_functions.tsv │ │ └── phold_per_cds_predictions.tsv │ ├── phold_DRR290133_ct3_1 │ │ ├── phold_all_cds_functions.tsv │ │ └── phold_per_cds_predictions.tsv │ ├── phold_DRR290133_genomad1 │ │ ├── phold_all_cds_functions.tsv │ │ └── phold_per_cds_predictions.tsv │ └── unique_calls_genomad │ ├── phold_aa.fasta │ └── phold_run_1751497002.788138.log └── ERR10905741 ├── ERR10905741_myloasm_1a.circ.fna ├── contigs │ ├── ERR10905741_unique_calls.ct3.fna │ └── ERR10905741_unique_calls.genomad.fna ├── ct3 │ ├── ct3_ERR10905741_1b_prune_summary.tsv │ ├── ct3_ERR10905741_1b_virus_summary.tsv │ ├── ct3_only_contigs.txt │ └── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv ├── genomad │ ├── ERR10905741_myloasm_1a.circ_with_dtr_virus_genes.tsv │ ├── ERR10905741_myloasm_1a.circ_with_dtr_virus_summary.tsv │ └── genomad_only_contigs.txt └── phold_annotations ├── phold_ERR10905741_ct3 │ ├── fails.tsv │ ├── phold_all_cds_functions.tsv │ └── phold_per_cds_predictions.tsv └── phold_ERR10905741_gnmd ├── phold_all_cds_functions.tsv └── phold_per_cds_predictions.tsv