Transcriptome - Pirum gemmata

- clean.fasta: Assembly cleaned from cross-contamination of other species multiplexed (Corallochytrium limacisporum Hawaii, Abeoforma whisleri and Parvularia atlantis [Nuclearia sp ATCC 50694]) after applying CroCo V0.1.1 (Simion et al. in prep).<br><br>- Assembly in-home BGI to obtain Unigene (contigs)- ORF prediction using TransDecoder (Trinity plugin) and PfamScan to obtain coding sequences (CDS files) from transcripts (mRNA)- Protein translations are included (pep)<br><strong>Guifré Torruella, Alex de Mendoza, Xavier Grau-Bové, Meritxell Antó, </strong>Mark A. Chaplin<strong>, Javier del Campo, </strong>Laura Eme, Gregorio Pérez-Cordón, Christopher M. Whipps, Krista M. Nichols, Richard Paley, Andrew J. Roger, Ariadna Sitjà-Bobadilla, Stuart Donachie,<strong> and Iñaki Ruiz-Trillo. </strong>(2015) <em>Phylogenomics reveals convergent evolution of lifestyles in close relatives of animals and fungi.</em> <strong><em>Current Biology </em></strong>25(18):2404-10.<br>www.multicellgenome.com- clean.fasta：经CroCo V0.1.1（Simion等，待发表）处理后，去除了与多重测序的其他物种（Corallochytrium limacisporum Hawaii、Abeoforma whisleri及Parvularia atlantis [Nuclearia sp ATCC 50694]）的交叉污染的基因组组装序列文件。<br><br>- 由BGI内部完成组装以获取Unigene（重叠群）：使用TransDecoder（Trinity插件）与PfamScan进行开放阅读框预测，从转录本（mRNA）中提取编码序列（CDS文件），并附带蛋白质翻译结果（pep文件）。<br><strong>Guifré Torruella、Alex de Mendoza、Xavier Grau-Bové、Meritxell Antó、Mark A. Chaplin、Javier del Campo、Laura Eme、Gregorio Pérez-Cordón、Christopher M. Whipps、Krista M. Nichols、Richard Paley、Andrew J. Roger、Ariadna Sitjà-Bobadilla、Stuart Donachie以及Iñaki Ruiz-Trillo</strong>（2015年）《系统发育基因组学揭示动物与真菌近亲的生活方式趋同演化》，发表于<strong><em>当代生物学（Current Biology）</em></strong> 25(18):2404-10。<br>www.multicellgenome.com

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集提供了Pirum gemmata物种的转录组数据，包括清理后的fasta文件和Unigene组装文件，涉及转录组组装、ORF预测和蛋白质翻译过程。数据集发布于2017年，属于进化生物学和微生物学领域，关联到一篇研究动物和真菌近亲生活方式趋同进化的论文，使用CC BY 4.0许可证开放共享。