circBase

Thousands of circular RNAs (circRNAs) have recently been shown to be expressed in eukaryotic cells [Salzman et al. 2012, Jeck et al. 2013, Memczak et al. 2013, Salzman et al. 2013]. Here you can explore public circRNA datasets and download the custom python scripts needed to discover circRNAs in your own (ribominus) RNA-seq data. New: Sequence-based search Search the database by identifier, gene description, genomic position, or their lists. Retrieve dataset slices by defining a set of conditions (table browser). Export tables in a variety of formats. Export FASTA files containing genomic sequence. Please refer to documentation for further info.已有研究证实，真核细胞中可表达数千条环状RNA（circular RNAs，简称circRNAs）[Salzman等，2012；Jeck等，2013；Memczak等，2013；Salzman等，2013]。您可在此探索公开的环状RNA数据集，并下载用于在自有（ribominus，核糖体RNA去除）RNA-seq数据中鉴定环状RNA的定制Python脚本。新增功能：基于序列检索——您可通过标识符、基因描述、基因组位置或其相关列表对数据库进行检索；可通过设定筛选条件获取数据集子集（表格浏览器功能）；支持多种格式的表格导出；可导出包含基因组序列的FASTA文件。更多详细信息请参阅官方文档。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

circBase是一个专注于环状RNA（circRNA）的数据库，收录了数千个在真核细胞中表达的circRNA数据，并提供公共数据集探索、Python脚本下载、序列搜索和数据导出等功能。该数据库整合了多个研究中的circRNA统计信息，涵盖人类、小鼠、果蝇等多种生物样本。