Grad-seq

Focusing on the largely uncharacterized RNA-binding protein KhpB, we use the RIP-seq technique to predict that KhpB interacts with sRNAs, tRNAs, and untranslated regions of mRNAs, and might be involved in the processing of specific tRNAs. Collectively, these datasets provide departure points for in-depth studies of the cellular interactome of enterococci that should facilitate functional discovery in these and related Gram-positive species. Our data are available to the community through a user-friendly Grad-seq browser that allows interactive searches of the sedimentation profiles (https://resources.helmholtz-hiri.de/gradseqef/).

我们以尚未得到充分表征的RNA结合蛋白（RNA-binding protein）KhpB为研究对象，采用RNA免疫沉淀测序（RIP-seq）技术开展预测分析，结果显示KhpB可与小RNA（sRNAs）、转运RNA（tRNAs）以及信使RNA（mRNAs）的非翻译区发生相互作用，并可能参与特定转运RNA的加工过程。
综上，本数据集为肠球菌属细菌的细胞互作组（cellular interactome）深入研究提供了关键起点，将助力这类物种及相关革兰氏阳性菌（Gram-positive species）的功能发掘。
本研究数据通过一款支持交互式检索沉降谱图的用户友好型Grad-seq浏览器向科研社区开放，访问地址为：https://resources.helmholtz-hiri.de/gradseqef/。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集通过RIP-seq技术研究了RNA结合蛋白KhpB在肠球菌中的相互作用，预测其与sRNAs、tRNAs及mRNAs非翻译区结合，并可能参与特定tRNA的加工。数据以用户友好的Grad-seq浏览器形式提供，支持交互式搜索沉降谱，旨在促进对革兰氏阳性菌细胞相互作用组的深入探索。