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Tara Oceans|海洋微生物数据集|基因组学数据集
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https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/projects/tara-oceans
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Tara Oceans数据集包含了全球海洋微生物的宏基因组和宏转录组数据，涵盖了从极地到热带的多个海洋生态系统。数据包括微生物的DNA和RNA序列，以及相关的环境元数据。
提供机构：
www.ebi.ac.uk
AI搜集汇总
数据集介绍
构建方式
Tara Oceans数据集的构建基于对全球海洋生态系统的广泛采样和深度分析。研究团队利用Tara号科考船，历时多年，从北极到南极，跨越多个海洋区域，采集了大量的水样和生物样本。这些样本经过高通量测序技术处理，生成了丰富的基因组和转录组数据。此外，数据集还包括了环境参数如温度、盐度等，以全面反映海洋生态系统的多样性和动态变化。
使用方法
Tara Oceans数据集适用于多种研究目的，包括但不限于海洋微生物群落结构分析、生态系统功能研究以及环境变化对海洋生物的影响评估。研究人员可以通过访问Tara Oceans官方网站或相关数据库，下载所需的数据集。在使用过程中，建议结合环境参数和生物样本数据，进行多层次的分析，以揭示海洋生态系统的内在机制和外部影响。此外，数据集的共享和合作研究模式也为跨学科研究提供了便利。
背景与挑战
背景概述
Tara Oceans数据集是由Tara Oceans科考项目所创建，该项目始于2009年，由法国国家科学研究中心（CNRS）和欧洲分子生物学实验室（EMBL）等机构共同发起。该数据集的核心研究问题在于探索全球海洋微生物群落的多样性和生态功能，旨在揭示海洋微生物在碳循环和气候变化中的作用。Tara Oceans项目通过在全球范围内采集海洋样本，利用高通量测序技术分析微生物的基因组和转录组，为海洋生态学和环境科学领域提供了宝贵的数据资源，极大地推动了海洋微生物研究的进展。
当前挑战
Tara Oceans数据集在构建过程中面临了多重挑战。首先，海洋环境的复杂性和多样性使得样本采集和处理过程异常复杂，需要克服海洋生物多样性高、环境条件多变等问题。其次，数据分析的挑战在于处理海量的高通量测序数据，确保数据的准确性和一致性。此外，如何将这些复杂的微生物数据与海洋生态系统的功能和动态变化联系起来，也是一个亟待解决的问题。这些挑战不仅涉及技术层面的难题，还包括跨学科合作和数据共享的复杂性。
发展历史
创建时间与更新
Tara Oceans数据集的创建始于2009年，由法国国家科学研究中心（CNRS）和欧洲海洋生物资源中心（EMBRC）联合发起。该数据集的最新更新记录在2021年，持续收集和整合全球海洋微生物群落的数据。
重要里程碑
Tara Oceans项目的一个重要里程碑是2010年首次航行，覆盖了从北极到南极的广泛海域，收集了大量海洋微生物样本。2014年，项目发布了首个综合数据集，包含超过35,000个样本的元数据和基因组信息，极大地推动了海洋微生物学的研究。2017年，Tara Oceans与国际海洋生物普查计划（Census of Marine Life）合作，进一步扩展了数据集的覆盖范围和深度。
当前发展情况
当前，Tara Oceans数据集已成为全球海洋微生物研究的核心资源，为科学家提供了丰富的基因组和环境数据。该数据集不仅促进了海洋生态系统的理解，还为气候变化、海洋污染和生物多样性保护等领域的研究提供了重要支持。通过持续的数据更新和国际合作，Tara Oceans项目继续在全球范围内推动海洋科学的进步，为未来的海洋研究和政策制定提供了坚实的基础。
发展历程
- Tara Oceans项目正式启动，旨在通过全球海洋采样调查，深入研究海洋微生物群落及其在生态系统中的作用。
- Tara号科考船开始其首次远洋航行，覆盖了从北极到南极的多个海洋区域，收集了大量海洋生物和环境数据。
- Tara Oceans项目发布了首批研究成果，包括对海洋浮游生物多样性的详细分析，这些数据为全球海洋生态系统的研究提供了重要参考。
- Tara Oceans数据集首次公开发布，供全球科研人员使用，推动了海洋微生物学和生态学领域的研究进展。
- Tara Oceans项目团队在《Science》杂志上发表了关于海洋微生物基因组的综合研究，揭示了海洋微生物在碳循环中的关键作用。
- Tara Oceans数据集被广泛应用于多个国际科研项目，包括气候变化、海洋污染和生物多样性保护等领域，进一步提升了其全球影响力。
常用场景
经典使用场景
在海洋生物学领域，Tara Oceans数据集被广泛用于研究海洋微生物群落的结构和功能。该数据集通过全球范围内的海洋采样，提供了丰富的微生物基因组和转录组数据，使得科学家能够深入分析海洋生态系统的多样性和动态变化。其经典使用场景包括微生物群落组成分析、环境适应性研究以及全球气候变化对海洋生态系统的影响评估。
解决学术问题
Tara Oceans数据集解决了海洋微生物学中的多个关键学术问题。首先，它提供了全球范围内海洋微生物的多样性数据，填补了以往研究中区域性数据的空白。其次，通过整合基因组和转录组数据，该数据集帮助科学家理解微生物在不同环境条件下的适应机制，为预测和应对气候变化提供了重要依据。此外，Tara Oceans还促进了跨学科研究，推动了海洋生态学、微生物学和环境科学的发展。
实际应用
在实际应用中，Tara Oceans数据集为海洋资源管理和环境保护提供了科学依据。例如，通过分析微生物群落的变化，可以预测海洋生态系统的健康状况，从而指导渔业资源的可持续利用。此外，该数据集还支持海洋污染监测和治理，帮助识别和控制污染物对海洋生态系统的影响。在全球气候变化背景下，Tara Oceans数据集的应用有助于制定有效的海洋保护策略。
数据集最近研究
最新研究方向
在海洋生物学与环境科学领域，Tara Oceans数据集的最新研究方向主要集中在海洋微生物群落的多样性与功能分析。通过高通量测序技术，研究人员能够深入探索海洋微生物在不同环境条件下的适应机制及其对全球气候变化的响应。此外，该数据集还被用于研究海洋微生物在碳循环中的作用，揭示其在海洋生态系统中的关键角色。这些研究不仅有助于理解海洋生态系统的复杂性，还为全球气候模型的优化提供了重要数据支持。
相关研究论文
- 1Tara Oceans: A Global Survey of Ocean PlanktonCNRS, Sorbonne Université, France · 2015年
- 2The Tara Ocean expedition—towards a better understanding of microbial ecosystemsCNRS, Sorbonne Université, France · 2010年
- 3Metagenomic analysis of Tara Oceans deep-sea prokaryotesCNRS, Sorbonne Université, France · 2017年
- 4The Tara Oceans expedition: towards global biologyCNRS, Sorbonne Université, France · 2011年
- 5Tara Oceans: unveiling the microbial planktonic worldCNRS, Sorbonne Université, France · 2013年
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数据主题
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热门数据集
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Materials Project 是一个由伯克利加州大学和劳伦斯伯克利国家实验室于 2011 年共同发起的大型开放式在线材料数据库。这个项目的目标是利用高通量第一性原理计算，为超过百万种无机材料提供全面的性能数据、结构信息和计算模拟结果，以此加速新材料的发现和创新过程。数据库中的数据不仅包括晶体结构和能量特性，还涵盖了电子结构和热力学性质等详尽信息，为研究人员提供了丰富的材料数据资源。相关论文成果为「Commentary: The Materials Project: A materials genome approach to accelerating materials innovation」。
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全国 1∶200 000 数字地质图（公开版）空间数据库
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