10x visium datasets

10X Visium dataset (also referred as SpatialLIBD or DLPFC in other papers) is the most widely used benchmark dataset among spatial clustering methods. This dataset contains 12 sub-datasets of human postmortem DLPFC tissue sections. Each measurement unit is a spot, and the number of barcoded array spots for the 12 samples are 4,226 (sample151507), 4,384 (sample151508), 4,789 (sample151509), 4,634 (sample151510), 3,661 (sample151669), 3,498 (sample151670), 4,110 (sample151671), 4,015 (sample151672), 3,639 (sample151673), 3,673 (sample151674), 3,592 (sample151675), and 3,460 (sample151676).10X Visium 数据集（在其他研究中也被称为SpatialLIBD或DLPFC）是空间聚类领域应用最为广泛的基准数据集。该数据集包含12个亚数据集，均源自人类死后的背外侧前额叶皮层（DLPFC）组织切片。其基本测量单元为斑点（spot），12个样本的条形码阵列斑点数分别为：样本151507（4226个）、样本151508（4384个）、样本151509（4789个）、样本151510（4634个）、样本151669（3661个）、样本151670（3498个）、样本151671（4110个）、样本151672（4015个）、样本151673（3639个）、样本151674（3673个）、样本151675（3592个）以及样本151676（3460个）。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

10x visium datasets是一个包含12个子数据集的空间转录组基准数据集，每个子数据集的大小在93.22 MB到128.9 MB之间，涵盖人类死后DLPFC组织切片的不同样本，样本的条形码阵列点数在3,460到4,789之间。该数据集广泛应用于空间聚类方法的研究，属于生物信息学方法开发和基因组学与转录组学领域。