Supplementary data and code from: Half a century of temperate non-forest vegetation changes: no net loss in species richness, but considerable shifts in taxonomic and functional composition.

Supplementary data and code to the article:

Klinkovská K., Sperandii M. G., Knollová I., Danihelka J., Hájek M., Hájková P., Hroudová Z., Jiroušek M., Lepš J., Navrátilová J., Peterka T., Petřík P., Prach K., Řehounková K., Rohel J., Sobotka V., Vávra M., Bruelheide H. & Chytrý M. (2025) Half a century of temperate non-forest vegetation changes: no net loss in species richness, but considerable shifts in taxonomic and functional composition. Global Change Biology.

This repository contains vegetation-plot time series data and code used for the analysis of temporal trends in the Czech vegetation.

Data

The data contain plant species composition data from repeated vegetation-plot records from the Czech Republic. In total, the dataset consists of 1154 vegetation-plot time series from 53 resurvey studies comprising 3 909 vegetation-plot records sampled between 1971 and 2023.

The data are provided as three CSV files with columns separated by commas:

Klinkovska_et_al_half_a_century_of_temperate_vegetation_change_species.csv contains the percentage covers of plant species in the plots. Only records of vascular plants are included and the nomenclature and taxonomic concepts were standardized according to Kaplan et al. (2019). Most subspecies were merged to the species level and some species were merged into aggregates. For species records determined only to the genus level, we checked the source data, and if a species was determined at a lower taxonomic level in a different sampling event of the same plot, we related this record to the lower-level taxon (e.g., if Viola species was present in one time, and Viola hirta in another time in the same plot, Viola species was considered to be also Viola hirta). If more than one lower-level taxon occurred in another survey of the same plot, we equally distributed the cover of the genus-level record among the lower-level taxa. To minimize pseudoturnover caused by the misidentification of taxa in some surveys of a specific plot, we merged species we suspected to be misidentified under the name used in the last survey within a given time series. Moreover, we excluded vernal taxa Anemone nemorosa and Cardamine pratensis agg. from the plots in resurvey project CZ_0019_042 because the surveys were conducted in slightly different phenological stages (Klinkovská et al., 2023). We converted categories of different cover scales used to estimate species cover in vegetation plots to percentages representing the mean value of each interval. In some resurvey studies, different cover scales were used in the different surveys. In such cases, we converted the different cover scales into the least precise scale used in the time series (usually the nine-grade Braun-Blanquet scale to the seven-grade Braun-Blanquet scale; Westhoff & van der Maarel (1978)).

Klinkovska_et_al_half_a_century_of_temperate_vegetation_change_head.csv contains header data for the vegetation plots. The header data structure follows that of the ReSurveyEurope Database (http://euroveg.org/eva-database-re-survey-europe).

Klinkovska_et_al_half_a_century_of_temperate_vegetation_change_traits.csv contains species characteristics obtained from the Pladias Database of the Czech Flora and Vegetation (Chytrý et al., 2021). They include growth form (Dřevojan, 2020), life strategy scores (Guo and Pierce, (2019) following the method of Pierce et al., (2017)), height (Kaplan et al., 2019), leaf characteristics (E-Vojtkó et al., 2020; Findurová, 2018; Kleyer et al., 2008; Klotz & Kühn, 2002), flower characteristics (Durka, 2002), reproduction type (Chrtek, 2018; Durka, 2002), dispersal strategy (Sádlo et al., 2018), myrmecochory (Konečná et al., 2018), symbiosis with nitrogen fixers (Blažek & Lepš, 2016), trophic mode (Těšitel et al., 2016), taxon origin (Pyšek et al., 2022), Ellenberg-type indicator values (Chytrý et al., 2018), indicator values for disturbance of the herb layer (Herben et al., 2016), ecological specialization index (Zelený & Chytrý, 2019), indices of colonization ability (Prach et al., 2017), and Red List status (Grulich, 2017).

Original species composition data before nomenclature standardization and cover transformation and full header data are available in the ReSurveyEurope Database (Knollová et al., 2024, http://euroveg.org/eva-database-re-survey-europe). 

Scripts

1_extract_trends_community.R: calculation of diversity indices, community weighted and unweighted means of functional and ecological species characteristics for each plot, calculation of trends in diversity indices and functional community characteristics using the interval change and linear trend approach.

2_model_community.R: generalized additive models for testing the probability of detecting a positive trend in each variable.

3_extract_trends_model_species.R: changes at the species level.

4_species_composition.R: distance-based redundancy analysis (db-RDA) for calculation of changes in species composition.

Data sources

Code

Reference

CZ_0002

Hájková, P., Hájek, M., Rybníček, K., Jiroušek, M., Tichý, L., Králová, Š., & Mikulášková, E. (2011). Long-term vegetation changes in bogs exposed to high atmospheric deposition, aerial liming and climate fluctuation: Atmospheric deposition and vegetation change in bogs. Journal of Vegetation Science, 22(5), 891–904. https://doi.org/10.1111/j.1654-1103.2011.01297.x

CZ_0003

Hájková, P., Hájek, M., Rybníček, K., Jiroušek, M., Tichý, L., Králová, Š., & Mikulášková, E. (2011). Long-term vegetation changes in bogs exposed to high atmospheric deposition, aerial liming and climate fluctuation: Atmospheric deposition and vegetation change in bogs. Journal of Vegetation Science, 22(5), 891–904. https://doi.org/10.1111/j.1654-1103.2011.01297.x

CZ_0004
Tichý, L. Rocky outcrops at the Dyje river valley. https://euroveg.org/resurvey_metadata/CZ_0004.pdf

CZ_0005

Tichý, L. PP Kozének – permanent plots. http://euroveg.org/resurvey_metadata/CZ_0005.pdf

CZ_0007

Hájková, P., Horsáková, V., Peterka, T., Janeček, Š., Galvánek, D., Dítě, D., Horník, J., Horsák, M., & Hájek, M. (2022). Conservation and restoration of Central European fens by mowing: A consensus from 20 years of experimental work. Science of The Total Environment, 846, 157293. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2022.157293

CZ_0008

Prach, K., Vítovcová, K., Řehounková, K., & Královec, J. (2021). Three decades of vegetation changes in a submontane grassland after the cessation of intensive fertilization. Preslia, 93, 169–179. https://doi.org/10.23855/preslia.2021.169

CZ_0009

Prach, K. (1993). Vegetational changes in a wet meadow complex, South Bohemia, Czech Republic. Folia Geobotanica et Phytotaxonomica, 28, 1–13. https://doi.org/10.1007/BF02853197

Prach, K. (2008). Vegetation changes in a wet meadow complex during the past half century. Folia Geobotanica, 43, 119–130. https://doi.org/10.1007/s12224-008-9011-z

CZ_0010

Řehounková, K. Chomoutov wetland. http://euroveg.org/resurvey_metadata/CZ_0010.pdf

CZ_0011

Harásek, M., Klinkovská, K., & Chytrý, M. (2023). Vegetation change in acidic dry grasslands in Moravia (Czech Republic) over three decades: Slow decrease in habitat quality after grazing cessation. Applied Vegetation Science, 26(2), e12726. https://doi.org/10.1111/avsc.12726

CZ_0015

Danihelka, J. (2019) Permanent plots in dry grasslands on Děvín Hill, southern Moravia, Czech Republic. [Dataset]. figshare. https://doi.org/10.6084/m9.figshare.9971039.v1

CZ_0016
Tichý, L. Steppic grassland of the nature monument Obřanská stráň. http://euroveg.org/resurvey_metadata/CZ_0016.pdf

CZ_0018

Vydrová, A. Long-term monitoring in EVL Boletice. http://euroveg.org/resurvey_metadata/CZ_0018.pdf

CZ_0019_003

Blažková, D. (2010). Společenstva s ostřicí třeslicovitou (Carex brizoides) a jejich sukcese. Silva Gabreta, 16(1), 13–25.

CZ_0019_004

Koubková, T. (2007). Nelesní vegetace písků na Hodonínsku a její změny po třech desetiletích [MSc. Thesis, Masaryk University, Brno]. https://is.muni.cz/th/szeje/?id=61740

CZ_0019_006

Dršková, M. (2017). Vegetace mokřadních a rašelinných luk Rožnovské Bečvy a její změny vlivem různého managementu [MSc. Thesis, Masaryk University, Brno]. https://is.muni.cz/th/q5j3l/

CZ_0019_008

Rydlo, J. (2016). Změny pokryvnosti jednotlivých druhů na Vokálově louce v Osečku v letech 1997-2016. Práce Muzea v Kolíně, Ser. Natur., 12, 3–6.

CZ_0019_009

Rydlo, J. (2016). Změny vodních makrofyt v rybníčku v Boru u Sokolče. Práce Muzea v Kolíně, Ser. Natur., 12, 7–10.

CZ_0019_010

Karešová, P., Rydlo, J., & Rydlo, J. (2016). Změny ve vegetaci makrofyt v rybníce Horní Kracle. Práce Muzea v Kolíně, Ser. Natur., 12, 53–58.

CZ_0019_011

Adámek, M. (2007). Změny vegetace luk povodí Žebrákovského potoka po 30 letech [MSc. Thesis, Charles University, Prague]. http://hdl.handle.net/20.500.11956/87753

CZ_0019_014

Kubíková, J., Hadinec, J., & Špyňar, P. (1996). Opakované sledování květeny a vegetace v přírodní rezervaci Prokopské údolí v Praze. Příroda, 5, 33–58.

CZ_0019_015

Kubíková, J., Hadinec, J., Osbornová, J., & Rektoris, L. (1994). Zhodnocení opakovaného sledování květeny a vegetace přírodní rezervace Divoká Šárka v Praze. Příroda, 1, 31–62.

CZ_0019_018

Kovář, P. (1997). Změny vegetace na lokalitě Albrechtův vrch (Stodůlky—Butovice) v přírodní rezervaci Prokopské údolí za období 1986-1996. Příroda, 11, 143–154.

CZ_0019_021

Klaudisová, A. (1996). Ekobiologická studie sinokvětu chrpovitého (Jurinea cyanoides (L.) Reichenb.). Příroda, 6, 69–93.

CZ_0019_023

Blažková, D., & Hruška, J. (1999). Vegetace lad s ostřicí třeslicovitou (Carex brizoides) v souvislosti s obnovením ekosystémů oligotrofních povodí s perlorodkou říční (Margaritifera margaritifera). Příroda, 15, 17–24.

CZ_0019_024

Macková, P. (2021). Současný vývoj vegetace na rašelinných loukách v PR Chvojnov [BSc. Thesis, Masaryk University, Brno]. https://is.muni.cz/th/bdu3a/

CZ_0019_025

Husek, V. (2020). Dlouhodobé změny subalpínské vegetace Králického Sněžníku [MSc. Thesis, Palacký University, Olomouc]. https://library.upol.cz/arl-upol/cs/detail-upol_us_cat-0327609-Dlouhodobe-zmeny-subalpinske-vegetace-Kralickeho-Snezniku/

CZ_0019_027

Krahulec, F., Blažková, D., Balátová-Tuláčková, E., Štursa, J., Pecháčková, S., & Fabšičová, M. (1997). Louky Krkonoš: Rostlinná společenstva a jejich dynamika. Opera Corcontica, 33, 1-252.

CZ_0019_030

Zmeškalová, J. (2011). Změny stepní vegetace v modelovém území NPR Oblík. Muzeum a Současnost, Ser. Natur., 26, 71–112.

CZ_0019_031

Rydlo, J. (2011). Regenerace stepní vegetace na Oblíku po geobotanickém výzkumu. Muzeum a Současnost, Ser. Natur., 26, 113–120.

CZ_0019_033

Kubíková, J. (2010). Dynamika xerofilních trávníků na vápencích Radotínského údolí v Praze: Vliv zaprášení emisemi cementárny v Lochkově. Bohemia Centralis, 30, 161–174.

CZ_0019_035

Matějková, I. (2015). Floristické a vegetační poměry přírodní památky Dolejší dráhy u Nehovidi v průběhu dvou desetiletí. Erica, 22, 3–60.

CZ_0019_036

Kopecký, K. (1986). Ústup společenstva Malvetum neglectae a sukcese na jeho stanovištích. Preslia, 58, 63–74.

CZ_0019_040

Pašťalková, H., Vacek, S., Matějka, K., & Málková, J. (2001). Vegetation dynamics in dwarf pine ecosystems in the western Giant Mts. Opera Corcontica, 38, 89–121.

CZ_0019_042

Klinkovská, K., Kučerová, A., Pustková, Š., Rohel, J., Slachová, K., Sobotka, V., Szokala, D., Danihelka, J., Kočí, M., Šmerdová, E., & Chytrý, M. (2023). Subalpine vegetation changes in the Eastern Sudetes (1973–2021): Effects of abandonment, conservation management and avalanches. Applied Vegetation Science, 26(1), e12711. https://doi.org/10.1111/avsc.12711

CZ_0019_043

Vašíčková, J. (2007). Časoprostorová dynamika luční vegetace na příkladu přírodní památky Hrnčířské louky [MSc. Thesis, Charles University, Prague]. http://hdl.handle.net/20.500.11956/99571

CZ_0019_044

Tájek, P., Janovský, Z., & Lampei Bucharová, A. (2015). Flóra a vegetace národní přírodní památky Křížky a vývoj vegetace během uplynulého desetiletí. Sborník Muzea Karlovarského Kraje, 23, 229–268.

CZ_0019_045

Šimák, M. (2018). Změna vegetace vlhkých luk ve Slavkovském lese [MSc. Thesis, Charles University, Prague]. http://hdl.handle.net/20.500.11956/100981

CZ_0019_046

Hroudová, Z., & Zákravský, P. (2000). Vegetation Changes in the steppe community of Bohemian Karst within period 1965-1998. Příroda, 17, 25–38.

CZ_0019_047

Klinkovská, K., Sperandii, M. G., Trávníček, B., & Chytrý, M. (2024). Significant decline in habitat specialists in semi-dry grasslands over four decades. Biodiversity and Conservation, 33(1), 161–178. https://doi.org/10.1007/s10531-023-02740-6

CZ_0019_049

Horká, E. (2022). Flóra a vegetace nivy Jedlového potoka (NP Šumava) [BSc. Thesis, University of South Bohemia in České Budějovice, České Budějovice]. https://theses.cz/id/28662b/BP_ELISKA_HORKA.pdf

CZ_0019_050

Jandová, L. (2007). Změny travinných ekosystémů v prostoru železniční stavby Krajinně-ekologická případová studie: Estakáda u Dlouhé Třebové [MSc. Thesis, Charles University, Prague]. http://hdl.handle.net/20.500.11956/93550

CZ_0019_051

Rohel, J. (2023). Vegetace údolí Křtinského potoka a její dynamika [BSc. Thesis, Masaryk University, Brno]. https://is.muni.cz/auth/th/ors8k/

CZ_0019_054

Sobotka, V. (2024). Sukcese stepní vegetace na opuštěných polích jižní Moravy [MSc. Thesis, Masaryk University, Brno]. https://is.muni.cz/auth/th/azlun/

CZ_0021
Vydrová, A. Long-term monitoring in EVL Šumava. http://euroveg.org/resurvey_metadata/CZ_0021.pdf

CZ_0023
Chytrý, M. Dry grasslands of the Podyjí/Thayatal National Park. http://euroveg.org/resurvey_metadata/CZ_0023.pdf

CZ_0027

Lepš, J. (2014). Scale‐ and time‐dependent effects of fertilization, mowing and dominant removal on a grassland community during a 15‐year experiment. Journal of Applied Ecology, 51(4), 978–987. https://doi.org/10.1111/1365-2664.12255

CZ_0028

Dvorský, M., Mudrák, O., Doležal, J., & Jirků, M. (2022). Reintroduction of large herbivores restored plant species richness in abandoned dry temperate grassland. Plant Ecology, 223(5), 525–535. https://doi.org/10.1007/s11258-022-01225-w

CZ_0029

Tichý, L. (1998). Teplotní poměry a vegetace na lokalitě sloní hřbet v Národním parku Podyjí. Preslia, 70, 349–363.

CZ_0030

Filipová, M. (2004). Změny vegetace xerotermních trávníků v NPR Vyšenské kopce a v okolí vlivem kosení, pastvy a odlesnění [MSc. Thesis, University of South Bohemia in České Budějovice, České Budějovice]. https://botanika.prf.jcu.cz/thesis/pdf/FilipovaM_Mgr04.pdf

Vacek, M. (2023). Zhodnocení dlouhodobého vlivu managementu v NPR Vyšenské kopce [MSc. Thesis, University of South Bohemia in České Budějovice, České Budějovice]. https://theses.cz/id/t91aqz/Vacek_Michal_2023_DP.pdf

CZ_0031

Navrátilová, J., Navrátil, J., & Hájek, M. (2022). Medium-term changes of vegetation composition on fens of the rural landscape, tested using fixed permanent plots. Folia Geobotanica, 57(3), 151–166. https://doi.org/10.1007/s12224-022-09421-2

CZ_0080

Veleba, A. (2010). Vliv kosení na druhové složení rašelinných luk ve Žďárských vrších [MSc. Thesis, Masaryk University, Brno]. https://is.muni.cz/auth/th/uqkjf/

CZ_0082
Klinkovská, K. et al. unpublished data

CZ_0083

Vávra, M. et al. unpublished data

References

Blažek, P., & Lepš, J. (2016). Symbiotic nitrogen fixation [Dataset]. www.pladias.cz

Chrtek, J. Jr. (2018). Generative reproduction type [Dataset]. www.pladias.cz

Chytrý, M., Danihelka, J., Kaplan, Z., Wild, J., Holubová, D., Novotný, P., Řezníčková, M., Rohn, M., Dřevojan, P., Grulich, V., Klimešová, J., Lepš, J., Lososová, Z., Pergl, J., Sádlo, J., Šmarda, P., Štěpánková, P., Tichý, L., Axmanová, I., … Pyšek, P. (2021). Pladias Database of the Czech flora and vegetation. Preslia, 93(1), 1–87. https://doi.org/10.23855/preslia.2021.001

Chytrý, M., Tichý, L., Dřevojan, P., Sádlo, J., & Zelený, D. (2018). Ellenberg-type indicator values for the Czech flora. Preslia, 90(2), 83–103. https://doi.org/10.23855/preslia.2018.083

Dřevojan, P. (2020). Growth form [Dataset]. www.pladias.cz

Durka, W. (2002). Blüten- und Reproduktionsbiologie. In S. Klotz & I. Kühn (Eds.), BIOLFLOR – Eine Datenbank mit biologisch-ökologischen Merkmalen zur Flora von Deutschland (pp. 133–175).

E-Vojtkó, A., Balogh, N., Deák, B., Kelemen, A., Kis, S., Kiss, R., Lovas-Kiss, Á., Löki, V., Lukács, K., Molnár V., A., Nagy, T., Sonkoly, J., Süveges, K., Takács, A., Tóth, E., Tóth, K., Tóthmérész, B., Török, P., Valkó, O., … Lukács, B. A. (2020). Leaf trait records of vascular plant species in the Pannonian flora with special focus on endemics and rarities. Folia Geobotanica, 55(2), 73–79. https://doi.org/10.1007/s12224-020-09363-7

Findurová, A. (2018). Variabilita listových znaků SLA a LDMC vybraných druhů rostlin České republiky [Variability of leaf traits SLA and LDMC in selected species of the Czech flora] [MSc. Thesis, Masaryk University, Brno].

Grulich, V. (2017). Červený seznam cévnatých rostlin ČR [The Red List of vascular plants of the Czech Republic]. Příroda, 35, 75–132.

Guo, W.-Y., & Pierce, S. (2019). Life strategy [Dataset]. www.pladias.cz

Herben, T., Chytrý, M., & Klimešová, J. (2016). A quest for species‐level indicator values for disturbance. Journal of Vegetation Science, 27(3), 628–636. https://doi.org/10.1111/jvs.12384

Kaplan, Z., Danihelka, J., Chrtek, J. Jr., Kirschner, J., Kubát, K., Štech, M., & Štěpánek, J. (Eds.). (2019). Klíč ke květeně České republiky. [Key to the flora of the Czech Republic] (Ed. 2.). Academia.

Kleyer, M., Bekker, R. m., Knevel, I. c., Bakker, J. p., Thompson, K., Sonnenschein, M., Poschlod, P., Van Groenendael, J. m., Klimeš, L., Klimešová, J., Klotz, S., Rusch, G. m., Hermy, M., Adriaens, D., Boedeltje, G., Bossuyt, B., Dannemann, A., Endels, P., Götzenberger, L., … Peco, B. (2008). The LEDA Traitbase: A database of life-history traits of the Northwest European flora. Journal of Ecology, 96(6), 1266–1274. https://doi.org/10.1111/j.1365-2745.2008.01430.x

Klinkovská, K., Kučerová, A., Pustková, Š., Rohel, J., Slachová, K., Sobotka, V., Szokala, D., Danihelka, J., Kočí, M., Šmerdová, E., & Chytrý, M. (2023). Subalpine vegetation changes in the Eastern Sudetes (1973–2021): Effects of abandonment, conservation management and avalanches. Applied Vegetation Science, 26(1), e12711. https://doi.org/10.1111/avsc.12711

Klotz, S., & Kühn, I. (2002). Blattmerkmale. In S. Klotz, I. Kühn, & W. Durka (Eds.), BIOLFLOR: eine Datenbank mit biologisch-ökologischen Merkmalen zur Flora von Deutschland (pp. 119–126).

Knollová, I., Chytrý, M., Bruelheide, H., Dullinger, S., Jandt, U., Bernhardt, M., Biurrun, I., de Bello, F., Glaser, M., Hennekens, S., Jansen, F., Jiménez, B., Kadaš, D., Kaplan, E., Klinkovská, K., Kuzemko, A., Lenzner, B., Pauli, H., Sperandii, M. G., … Golub, V. (2024). ReSurveyEurope: A database of resurveyed vegetation plots in Europe. Journal of Vegetation Science, 35, e13235. https://doi.org/10.1111/jvs.13235

Konečná, M., Štech, M., & Lepš, J. (2018). Myrmecochory [Dataset]. www.pladias.cz

Pierce, S., Negreiros, D., Cerabolini, B. E. L., Kattge, J., Díaz, S., Kleyer, M., Shipley, B., Wright, S. J., Soudzilovskaia, N. A., Onipchenko, V. G., Van Bodegom, P. M., Frenette‐Dussault, C., Weiher, E., Pinho, B. X., Cornelissen, J. H. C., Grime, J. P., Thompson, K., Hunt, R., Wilson, P. J., … Tampucci, D. (2017). A global method for calculating plant CSR ecological strategies applied across biomes world‐wide. Functional Ecology, 31(2), 444–457. https://doi.org/10.1111/1365-2435.12722

Prach, K., Tichý, L., Vítovcová, K., & Řehounková, K. (2017). Participation of the Czech flora in succession at disturbed sites: Quantifying species’ colonization ability. Preslia, 89(2), 87–100. https://doi.org/10.23855/preslia.2017.087

Pyšek, P., Sádlo, J., Chrtek, J., Chytrý, M., Kaplan, Z., Pergl, J., Pokorná, A., Axmanová, I., Čuda, J., Doležal, J., Dřevojan, P., Hejda, M., Kočár, P., Kortz, A., Lososová, Z., Lustyk, P., Skálová, H., Štajerová, K., Večeřa, M., … Danihelka, J. (2022). Catalogue of alien plants of the Czech Republic (3rd edition): Species richness, status, distributions, habitats, regional invasion levels, introduction pathways and impacts. Preslia, 94(4), 447–577. https://doi.org/10.23855/preslia.2022.447

Sádlo, J., Chytrý, M., Pergl, J., & Pyšek, P. (2018). Plant dispersal strategies: A new classification based on the multiple dispersal modes of individual species. Preslia, 90(1), 1–22. https://doi.org/10.23855/preslia.2018.001

Těšitel, J., Těšitelová, T., Blažek, P., & Lepš, J. (2016). Parasitism and mycoheterotrophy [Dataset]. www.pladias.cz

Westhoff, V., & Van Der Maarel, E. (1978). The Braun-Blanquet Approach. In R. H. Whittaker (Ed.), Classification of Plant Communities (pp. 287–399). Springer. https://doi.org/10.1007/978-94-009-9183-5_9

Zelený, D., & Chytrý, M. (2019). Ecological specialization indices for species of the Czech flora. Preslia, 91(2), 93–116. https://doi.org/10.23855/preslia.2019.093