The choices we make and the impacts they have: Machine learning and species delimitation in North American box turtles (Terrapene spp.)

. ├── depthPlot.tar.gz ├── divergenceDating │ ├── inputFiles.tar.gz │ ├── outputFiles.tar.gz │ └── run_dating_rooted_fixedDates_iqtree.sh ├── speciesDelim │ ├── BFD │ │ ├── Rscripts │ │ │ └── mle2bfd.Rmd │ │ ├── inputFiles │ │ │ ├── DIVEIN.tar.gz │ │ │ └── bfd_xml_input.tar.gz │ │ └── outputFiles │ │ └── bfd_output.tar.gz │ ├── Robjects │ │ └── Robjects_missData_maf.tar.gz │ ├── barplots │ │ └── barplots_all.tar.gz │ ├── cmds_isomds_tsne │ │ ├── alignments │ │ │ └── alignments_R.tar.gz │ │ └── output │ │ └── raw_txt_output │ │ └── missData_maf_output_R.tar.gz │ ├── delimitR │ │ ├── Rscripts │ │ │ ├── estimate_nm.R │ │ │ ├── run_delimitR_linux.R │ │ │ ├── run_delimitR_linux_2.R │ │ │ ├── run_delimitR_linux_2_rf5K.R │ │ │ └── writeTables_dr.R │ │ ├── dr.pbs │ │ ├── inputFiles │ │ │ ├── alignments │ │ │ │ └── delimitR_input.recode.vcf │ │ │ ├── jSFS │ │ │ │ └── delimitR_input_MSFS.obs │ │ │ ├── popmap │ │ │ │ └── popmap_final_delimitR_sorted.txt │ │ │ └── traits │ │ │ └── traits_dr_final.txt │ │ └── outputFiles │ │ ├── Prior │ │ │ └── binned.tar.gz │ │ ├── Robjects │ │ │ ├── myRF_object_svdtree_5K.rds │ │ │ ├── myobserved_object_svdtree_5K.rds │ │ │ └── prediction_object_svdtree_5K.rds │ │ └── tables │ │ ├── myRF_errorRates_5K.csv │ │ └── prediction_votes_5K.csv │ └── vae │ ├── alignments │ │ └── alignments_vae.tar.gz │ └── output │ └── raw_txt_output │ └── missData_maf_output_vae.tar.gz ├── speciesTrees │ ├── iqtree │ │ ├── alignments │ │ │ └── BOX_concat_goodOnly_N214.nex │ │ ├── constraintTrees.tar.gz │ │ ├── partitionTree.tar.gz │ │ └── sCF │ │ ├── inputFiles.tar.gz │ │ ├── outputFiles.tar.gz │ │ └── run_scf.sh │ ├── pomo │ │ ├── alignments │ │ │ ├── BOX_pomo_FINAL.counts │ │ │ └── BOX_pomo_FINAL.fasta │ │ └── outputFiles.tar.gz │ └── svdquartets │ ├── alignments │ │ └── BOX_svdq_run3_FINAL_filt.nex │ └── outputFiles.tar.gz └── treemix ├── inputFiles.tar.gz └── outputFiles.tar.gz 36 directories, 43 files