CottonGen

CottonGen是一个棉花基因组学、遗传学和育种研究的知识库，提供基因组、遗传和育种资源，用于棉花研究探索和作物改良。该数据库包含基因组序列、基因、标记、QTL/GWAS、表型和基因型数据，支持多种棉花物种的查询和比较。CottonGen由华盛顿州大学Mainlab开发，定期更新基因组数据和新闻通讯。棉花社区基因组学、遗传学与育种数据库（CottonGen）是一款专为棉花领域打造的社区型专业数据库，目前正处于开发阶段，旨在支撑该领域的基础、转化及应用研究。该数据库采用开源Tripal数据库基础设施进行搭建。CottonGen已取代棉花数据库（CottonDB）与棉花标记数据库（Cotton Marker Database），并新增了一系列工具，可简化棉花研究数据的共享、挖掘、可视化与检索流程。该数据库涵盖面向棉花科研社区的注释化全基因组序列、表达序列标签（expressed sequence tags, ESTs）衍生的单基因序列、分子标记、性状位点、遗传图谱、基因信息、分类学数据、种质资源、文献资料以及交流资源。目前已公开雷蒙德氏棉（Gossypium raimondii）的注释化全基因组序列，配套提供经比对的遗传标记与转录本数据。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

CottonGen是一个基于Tripal基础设施构建的棉花社区基因组学、遗传学和育种数据库，旨在支持棉花的基础、转化和应用研究。它取代了CottonDB和Cotton Marker Database，提供增强的数据共享、挖掘、可视化和检索工具，包含注释的全基因组序列、标记、性状位点、遗传图谱、种质资源等多种研究数据。其中，Gossypium raimondii的注释全基因组序列已与遗传标记和转录本对齐。