ATOM3D

ATOM3D 是关于生物分子三维结构的数据集的统一集合，包括蛋白质、小分子和核酸。这些数据集专门设计用于为在 3D 分子结构上运行的机器学习方法提供基准，并代表各种重要的结构、功能和工程任务。所有数据集都以标准化格式提供，以及一个 Python 包，其中包含用于常见机器学习框架（如 PyTorch）的处理代码、实用程序、模型和数据加载器。 ATOM3D 被设计为一个动态数据库，其中数据集会随着领域的进展而更新并添加任务。
ATOM3D 目前包含八个数据集，大致可分为四类，代表了广泛的问题，涵盖单个分子结构和生物分子之间的相互作用以及分子功能和设计/工程任务。