凡纳滨对虾重测序数据最优测序深度研究

全基因组重测序技术在遗传学研究中的应用日益广泛，然而测序深度对数据质量及变异检测的影响尚不明确，尤其是在水产养殖物种中。本研究利用Illumina NovaSeq测序平台，对31份南美白对虾（Litopenaeus vannamei）样品进行了超过28×的深度重测序，并通过数据降采样模拟了0.5×至20×的不同测序深度。结果表明，当测序深度低于10×时，单核苷酸多态性（SNP）的鉴定数量随深度的增加而急剧上升；10×深度下检测到的SNP数量约占20×深度下检测总量的69.16%。基因分型的准确率呈现出与SNP检测结果相似的趋势，在6×深度时约为0.90。进一步分析发现，基因分型错误的主要原因为杂合变异被错误鉴定为纯合变异。因此，综合考量SNP的数量与质量，建议在进行全基因组研究和遗传图谱构建时采用10×的测序深度，而在进行群体结构分析时，6×的深度则更具成本效益。本研究强调了选择最佳测序深度对于确保变异检测的可靠性与数据的高质量至关重要，为南美白对虾及其他水产物种的全基因组重测序研究提供了重要的参考依据。