交联剂骨架结构对蛋白质动态性分析影响的综合研究：以 Pin1 为例的相关研究数据

理解蛋白质结构对阐明其功能至关重要。交联质谱（XL-MS）已被广泛认为是一种分析蛋白质复合物结构的强大工具。然而，交联剂骨架结构对蛋白质动态构象分析的影响仍待深入探索。本研究以同时具有相对稳定的结构域内构象和动态结构域间区域的肽酰脯氨酰顺反异构酶 Pin1 为研究对象，探究了不同交联剂骨架结构对其动态构象解析的影响。根据 Pin1 内部赖氨酸间距离的理论计算，我们选择了三种具有不同臂长及含氧骨架的交联剂：酒石酸二琥珀酰亚胺酯（DST）、双（琥珀酰亚胺基）二乙二醇（BS(PEG)₂）和二羟基十二烷二酸二琥珀酰亚胺酯（DSDHD）。通过全原子分子动力学（MD）模拟和溶液核磁共振（NMR）技术，我们表征了这些交联剂的动力学特性及其对蛋白质结构的扰动作用，并系统评估了不同骨架交联剂解析 Pin1 结构与结构域间动态的能力。结果表明，具有最佳臂长且能在紧凑与伸展状态间快速转换的 BS(PEG)₂，能够在提供与较短臂长交联剂 DST 相当水平的结构域内结构细节的同时，获得更多 Pin1 结构域间的动态构象信息。总体而言，本研究强调了交联剂骨架结构在利用质谱进行蛋白质动态结构分析中的关键作用。