SoyBase

SoyBase, the USDA-ARS soybean genetic database, is a comprehensive repository for professionally curated genetics, genomics and related data resources for soybean. SoyBase contains genetic, physical and genomic sequence maps integrated with qualitative and quantitative traits. The quantitative trait loci (QTL) represent more than 18 years of QTL mapping of more than 90 unique traits. SoyBase also contains the well-annotated 'Williams 82' genomic sequence and associated data mining tools. The genetic and sequence views of the soybean chromosomes and the extensive data on traits and phenotypes are extensively interlinked. This allows entry to the database using almost any kind of available information, such as genetic map symbols, soybean gene names or phenotypic traits. SoyBase is the repository for controlled vocabularies for soybean growth, development and trait terms, which are also linked to the more general plant ontologies.

SoyBase（美国农业部农业研究服务局（USDA-ARS）大豆遗传数据库）是一款经专业审核整理的大豆遗传、基因组学及相关数据资源综合资源库。该数据库收录了整合质量性状与数量性状的遗传图谱、物理图谱及基因组序列图谱。其中数量性状位点（quantitative trait loci, QTL）数据涵盖了超过18年间针对90余种独特性状的QTL定位研究成果。SoyBase同时收录了注释完善的'Williams 82'基因组序列及配套的数据挖掘工具。大豆染色体的遗传与序列可视化界面，以及海量的性状与表型数据均实现了深度互联，用户可通过几乎任意可用信息检索该数据库，例如遗传图谱标记符号、大豆基因名称或表型性状。此外，SoyBase亦是大豆生长、发育及性状术语的受控词汇资源库，这些术语亦与更通用的植物本体论（plant ontologies）建立了关联。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

SoyBase是美国农业部农业研究服务局（USDA-ARS）维护的大豆遗传数据库，是一个综合性的专业资源库，集成了遗传、物理和基因组序列图谱，并与数量和质量性状数据相关联。它包含超过18年累积的90多种独特性状的数量性状位点（QTL）作图数据，以及完整的'Williams 82'基因组序列注释和多种数据挖掘工具。该数据库通过互连的遗传、序列、性状和表型数据，支持用户通过遗传图谱符号、基因名称或表型性状等多种信息进行检索。