intermediate_files

Intermediate files generated for the paper...Directory structure:intermediate_files/├── datasets│ ├── activity│ │ ├── CardosoMoreira2019-EX.tsv.gz│ │ ├── Danielsson2013-bulkgenexpr-adjusted_fclayer.tsv.gz│ │ ├── Danielsson2013-EX.tsv.gz│ │ ├── Hodis2022-invitro_eng_melanoc-bulkgenexpr-adjusted_fclayer.tsv.gz│ │ ├── ReplogleWeissman2022_rpe1-bulkgenexpr-adjusted_fclayer.tsv.gz│ │ └── Urbanski2022-EX.tsv.gz│ ├── event_psi│ │ ├── Rogalska2024-ALTA.tsv.gz│ │ ├── Rogalska2024-ALTD.tsv.gz│ │ ├── Rogalska2024-EX.tsv.gz│ │ ├── Rogalska2024-INT.tsv.gz│ │ ├── Urbanski2022-ALTA.tsv.gz│ │ ├── Urbanski2022-ALTD.tsv.gz│ │ ├── Urbanski2022-EX.tsv.gz│ │ └── Urbanski2022-INT.tsv.gz│ ├── genexpr_tpm│ │ ├── Rogalska2024.tsv.gz│ │ └── Urbanski2022.tsv.gz│ ├── metadata│ │ ├── Hodis2022-invitro_eng_melanoc.tsv.gz│ │ ├── ReplogleWeissman2022_rpe1.tsv.gz│ │ ├── Rogalska2024.tsv.gz│ │ └── Urbanski2022.tsv.gz│ └── signatures│ ├── CardosoMoreira2019-EX.tsv.gz│ ├── Danielsson2013-EX.tsv.gz│ ├── Danielsson2013-genexpr_tpm.tsv.gz│ ├── Hodis2022-invitro_eng_melanoc-genexpr_cpm.tsv.gz│ ├── ReplogleWeissman2022_rpe1-genexpr_cpm.tsv.gz│ ├── Rogalska2024-EX.tsv.gz│ ├── Urbanski2022-EX.tsv.gz│ └── Urbanski2022-genexpr_tpm.tsv.gz├── models│ ├── from_bulkgenexpr_to_EX│ │ ├── ewlayer│ │ │ ├── weights-0.pth│ │ │ ├── weights-1.pth│ │ │ ├── weights-2.pth│ │ │ ├── weights-3.pth│ │ │ └── weights-4.pth│ │ └── fclayer│ │ ├── weights-0.pth│ │ ├── weights-1.pth│ │ ├── weights-2.pth│ │ ├── weights-3.pth│ │ └── weights-4.pth│ ├── from_bulkscgenexpr_to_EX│ │ ├── ewlayer│ │ │ ├── weights-0.pth│ │ │ ├── weights-1.pth│ │ │ ├── weights-2.pth│ │ │ ├── weights-3.pth│ │ │ └── weights-4.pth│ │ └── fclayer│ │ ├── weights-0.pth│ │ ├── weights-1.pth│ │ ├── weights-2.pth│ │ ├── weights-3.pth│ │ └── weights-4.pth│ └── from_scgenexpr_to_EX│ ├── ewlayer│ │ ├── weights-0.pth│ │ ├── weights-1.pth│ │ ├── weights-2.pth│ │ ├── weights-3.pth│ │ └── weights-4.pth│ └── fclayer│ ├── weights-0.pth│ ├── weights-1.pth│ ├── weights-2.pth│ ├── weights-3.pth│ └── weights-4.pth└── networks ├── experimentally_derived_regulons_pruned-bulkgenexpr │ ├── ENASFS-metaexperiment0-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENASFS-metaexperiment1-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENASFS-metaexperiment2-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENASFS-metaexperiment3-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENCOREKD-benchmark-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENCOREKO-benchmark-delta_psi.tsv.gz │ └── Rogalska2024-HELA_CERVIX-delta_psi.tsv.gz ├── experimentally_derived_regulons_pruned-bulkscgenexpr │ ├── ENASFS-metaexperiment0-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENASFS-metaexperiment1-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENASFS-metaexperiment2-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENASFS-metaexperiment3-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENCOREKD-benchmark-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENCOREKO-benchmark-delta_psi.tsv.gz │ ├── ReplogleWeissman2022-K562_essential-log2fc_genexpr.tsv.gz │ ├── ReplogleWeissman2022-K562_gwps-log2fc_genexpr.tsv.gz │ ├── ReplogleWeissman2022-rpe1-log2fc_genexpr.tsv.gz │ └── Rogalska2024-HELA_CERVIX-delta_psi.tsv.gz ├── experimentally_derived_regulons_pruned-scgenexpr │ ├── ReplogleWeissman2022-K562_essential-log2fc_genexpr.tsv.gz │ ├── ReplogleWeissman2022-K562_gwps-log2fc_genexpr.tsv.gz │ └── ReplogleWeissman2022-rpe1-log2fc_genexpr.tsv.gz └── experimentally_derived_regulons_pruned_w_viper_networks-EX ├── ENASFS-metaexperiment0-delta_psi.tsv.gz ├── ENASFS-metaexperiment1-delta_psi.tsv.gz ├── ENASFS-metaexperiment2-delta_psi.tsv.gz ├── ENASFS-metaexperiment3-delta_psi.tsv.gz ├── ENCOREKD-HepG2-delta_psi.tsv.gz ├── ENCOREKD-K562-delta_psi.tsv.gz ├── ENCOREKO-HepG2-delta_psi.tsv.gz ├── ENCOREKO-K562-delta_psi.tsv.gz └── Rogalska2024-HELA_CERVIX-delta_psi.tsv.gz21 directories, 87 files