Structure-Guided Engineering of a Multifunctional Glycosidase for Exclusive High-Yield Production of Ginsenoside F1 from Panax notoginseng-MD simulation files

该数据集包含为题为“三七人参人参皂苷 F1 独家高产生产多功能糖苷酶的结构引导工程”的研究生成的分子动力学 (MD) 模拟数据。模拟研究了野生型 (WT) β-葡萄糖苷酶 BgDU(糖苷水解酶家族 3,GH3)及其 DUase 突变体与底物 NG-R1 和 G-Rg1 复合物在 50 纳秒 (ns) 生产运行中的结合动力学和构象变化。进行了六次独立模拟:1.WT酶+NG-R1底物2.WT酶+G-Rg1底物3.WT酶+G-Rg1底物(C20)4.DUase 突变体 + NG-R1 底物5.DUase 突变体 + G-Rg1 底物6.DUase突变体+G-Rg1底物(C20) 为了清楚起见,数据被组织到三个主要文件夹中: 结构:包含PDB格式的坐标文件,在50 ns的生产运行期间的关键时间点采样。文件表示每个模拟系统的 0 ns、10 ns、20 ns、30 ns、40 ns 和 50 ns 的快照。 拓扑包含拓扑文件 (*.itp),定义特定于底物 NG-R1 和 G-Rg1 的力场参数。RESP2 原子电荷由 Multiwfn 派生,sobtop 生成的 GROMACS 兼容 ITP 文件,集成了 RESP2 电荷。 MDP包含用于控制 GROMACS 中模拟协议的所有分子动力学参数 (*.mdp) 文件。