RAD sequences - A first inference of the phylogeography of the worldwide invader Xylosandrus compactus

Native to Southeastern Asia, the ambrosia beetle Xylosandrus compactus is invasive worldwide. Its invasion is favoured by its cryptic lifestyle, symbiosis with a fungus that facilitates a broad range of host plants, and predominant sib-mating reproduction.We used COI and RAD sequencing to i) characterise the worldwide genetic structure of the species, ii) disentangle the origin(s) of the non-native populations on the three invaded continents and (iii) analyse the genetic diversity and pathways within each invaded region.We used the RADIS pipeline (Cruaud et al. 2016) to i) demultiplex individuals using process_radtags (Catchen et al. 2013), ii) homogenise read length and remove a few low-quality bases by trimming reads to 139 bp and iii) remove PCR duplicates using clone_filter (Catchen et al. 2013). The obtained sequences are available here.

原产于东南亚的香脂象甲 Xylosandrus compactus 已在全球范围内成为入侵物种。其入侵行为得益于其隐秘的生活方式、与一种促进广泛宿主植物共生作用的真菌的关系，以及以同胞交配为主的繁殖方式。本研究利用 COI 和 RAD 测序技术，旨在 i) 描述该物种在全球范围内的遗传结构，ii) 梳理三个入侵大陆上非原生群体的起源，以及 iii) 分析各入侵区域的遗传多样性和演化路径。我们采用 RADIS 工作流程（Cruaud 等人，2016年）进行以下操作：i) 利用 process_radtags（Catchen 等人，2013年）对个体进行去冗余处理，ii) 通过修剪至 139 碱基对来均一化读长并去除部分低质量碱基，以及 iii) 使用 clone_filter（Catchen 等人，2013年）去除 PCR 重复序列。所获得的序列信息已在此处公开。