MEGARes：用于高通量测序的抗菌素耐药性数据库2.0

摘要
抗菌药物耐药性已成为一个迫在眉睫的公共卫生问题。随着抗生素耐药性检测和表征方法从靶向培养和聚合酶链反应转向高通量宏基因组学，需要适当的资源来分析大规模数据。目前，抗生素耐药性数据库是针对使用高度描述性注释的较小规模、功能性基因分析而定制的。这些特征不利于分析大规模生态序列数据集，例如使用宏基因组学进行监测产生的数据集。为了克服这些局限性，我们提出了MEGARes(https://megares.meglab.org)，一个手动管理的抗菌药物耐药性数据库和注释结构，为开发高通量非循环分类器和大数据的分层统计分析奠定了基础。MEGARes可以通过网站作为独立资源浏览，也可以通过下载轻松集成到序列分析管道中。我们还通过该网站提供了AmrPlusPlus的文档，这是一种用户友好的银河系管道，用于分析高通量测序数据，预打包后与MEGARes数据库一起使用。