Anndatas and corresponding drug and protein embeddings

Here are the anndatas (LINCS, Sciplex3, Norman, Replogle (RPE1 and K562, too big!)), their preprocessed versions (2,000 highly variable genes) and the drug and protein embeddingsThe Replogle datasets (K562_essential_raw_singlecell_01 and anndatas/rpe1_raw_singlecell_01 are each ~10Gb) can be downlaoded from https://plus.figshare.com/articles/dataset/_Mapping_information-rich_genotype-phenotype_landscapes_with_genome-scale_Perturb-seq_Replogle_et_al_2022_processed_Perturb-seq_datasets/20029387<br>

本数据集涵盖多类注释数据对象（anndata）：LINCS、Sciplex3、Norman以及Replogle数据集，其中涉及RPE1与K562细胞系的Replogle数据集体积过大；同时还包含其经预处理的版本（筛选得到2000个高可变基因），以及药物与蛋白质嵌入表征。
Replogle数据集包含两个文件：K562_essential_raw_singlecell_01与anndatas/rpe1_raw_singlecell_01，单个文件大小约10Gb，可从以下链接下载：https://plus.figshare.com/articles/dataset/_Mapping_information-rich_genotype-phenotype_landscapes_with_genome-scale_Perturb-seq_Replogle_et_al_2022_processed_Perturb-seq_datasets/20029387

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集提供多种细胞系（如LINCS、Sciplex3等）的anndatas文件及其预处理版本（含2000个高变基因），同时包含药物和蛋白质的嵌入数据。部分大型文件（如Replogle的K562/RPE1数据）需通过外部链接获取。