fly epiTADs
收藏DataCite Commons2021-06-22 更新2024-07-28 收录
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资源简介:
fly epiTADs is generated by hicpipe* based on top5 scaling factor with 10k window (10k_top5). It is formed in bed format where number represent epiTAD class:1:red:active<br>2:gray:null<br>3:PcG:blue<br>4:HP1:green<br><br>*Yaffe, E. & Tanay, A. Probabilistic modeling of Hi-C contact maps eliminates systematic biases to characterize global chromosomal architecture. Nat. Genet. 43, 1059–65 (2011).
果蝇表观基因组TAD(epiTAD)数据集由hicpipe工具生成,其构建基于10kb窗口下的前5位缩放因子(10k_top5)。该数据集采用BED格式(Browser Extensible Data)存储,其中数字代表epiTAD的类别:1为红色标记的活跃型epiTAD、2为灰色标记的无定义型epiTAD、3为PcG(多梳蛋白复合体)型epiTAD(蓝色标记)、4为HP1(异染色质蛋白1)型epiTAD(绿色标记)。
*Yaffe E与Tanay A的研究:《Hi-C接触图谱的概率建模可消除系统偏差以表征全局染色体架构》,《自然·遗传学》,43卷,1059–1065页(2011年)。
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2021-06-13




