MINE

We present MINE 2.0, which utilizes a new set of biochemical transformation rules that covers 93% of MetaCyc reactions (compared to 25% in MINE 1.0). This results in a 17-fold increase in database size and a 40% increase in MINE database compounds matching unannotated peaks from an untargeted metabolomics dataset. MINE 2.0 is thus a significant improvement to this community resource.本研究提出MINE 2.0，其采用一套全新的生化转化规则，可覆盖MetaCyc数据库中93%的代谢反应（相较MINE 1.0的25%覆盖比例）。此举使数据库规模扩大至原有规模的17倍，且在匹配非靶向代谢组学数据集未注释峰的MINE数据库化合物数量上提升了40%。因此，MINE 2.0是该社区共享资源的一次重大改进。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

MINE 2.0是一个代谢组学数据库，通过改进的反应规则扩展已知代谢组，覆盖更多生化反应，相比前一版本有显著提升。它支持多种搜索功能，包括代谢组学和结构搜索，并提供REST API访问。