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Intermediate files generated for the paper... Directory structure: intermediate_files/ ├── datasets │ ├── activity │ │ ├── CardosoMoreira2019-EX.tsv.gz │ │ ├── Danielsson2013-bulkgenexpr-adjusted_fclayer.tsv.gz │ │ ├── Danielsson2013-EX.tsv.gz │ │ ├── Hodis2022-invitro_eng_melanoc-bulkgenexpr-adjusted_fclayer.tsv.gz │ │ ├── ReplogleWeissman2022_rpe1-bulkgenexpr-adjusted_fclayer.tsv.gz │ │ └── Urbanski2022-EX.tsv.gz │ ├── event_psi │ │ ├── Rogalska2024-ALTA.tsv.gz │ │ ├── Rogalska2024-ALTD.tsv.gz │ │ ├── Rogalska2024-EX.tsv.gz │ │ ├── Rogalska2024-INT.tsv.gz │ │ ├── Urbanski2022-ALTA.tsv.gz │ │ ├── Urbanski2022-ALTD.tsv.gz │ │ ├── Urbanski2022-EX.tsv.gz │ │ └── Urbanski2022-INT.tsv.gz │ ├── genexpr_tpm │ │ ├── Rogalska2024.tsv.gz │ │ └── Urbanski2022.tsv.gz │ ├── metadata │ │ ├── Hodis2022-invitro_eng_melanoc.tsv.gz │ │ ├── ReplogleWeissman2022_rpe1.tsv.gz │ │ ├── Rogalska2024.tsv.gz │ │ └── Urbanski2022.tsv.gz │ └── signatures │ ├── CardosoMoreira2019-EX.tsv.gz │ ├── Danielsson2013-EX.tsv.gz │ ├── Danielsson2013-genexpr_tpm.tsv.gz │ ├── Hodis2022-invitro_eng_melanoc-genexpr_cpm.tsv.gz │ ├── ReplogleWeissman2022_rpe1-genexpr_cpm.tsv.gz │ ├── Rogalska2024-EX.tsv.gz │ ├── Urbanski2022-EX.tsv.gz │ └── Urbanski2022-genexpr_tpm.tsv.gz ├── models │ ├── from_bulkgenexpr_to_EX │ │ ├── ewlayer │ │ │ ├── weights-0.pth │ │ │ ├── weights-1.pth │ │ │ ├── weights-2.pth │ │ │ ├── weights-3.pth │ │ │ └── weights-4.pth │ │ └── fclayer │ │ ├── weights-0.pth │ │ ├── weights-1.pth │ │ ├── weights-2.pth │ │ ├── weights-3.pth │ │ └── weights-4.pth │ ├── from_bulkscgenexpr_to_EX │ │ ├── ewlayer │ │ │ ├── weights-0.pth │ │ │ ├── weights-1.pth │ │ │ ├── weights-2.pth │ │ │ ├── weights-3.pth │ │ │ └── weights-4.pth │ │ └── fclayer │ │ ├── weights-0.pth │ │ ├── weights-1.pth │ │ ├── weights-2.pth │ │ ├── weights-3.pth │ │ └── weights-4.pth │ └── from_scgenexpr_to_EX │ ├── ewlayer │ │ ├── weights-0.pth │ │ ├── weights-1.pth │ │ ├── weights-2.pth │ │ ├── weights-3.pth │ │ └── weights-4.pth │ └── fclayer │ ├── weights-0.pth │ ├── weights-1.pth │ ├── weights-2.pth │ ├── weights-3.pth │ └── weights-4.pth └── networks ├── experimentally_derived_regulons_pruned-bulkgenexpr │ ├── ENASFS-metaexperiment0-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENASFS-metaexperiment1-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENASFS-metaexperiment2-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENASFS-metaexperiment3-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENCOREKD-benchmark-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENCOREKO-benchmark-delta_psi.tsv.gz │ └── Rogalska2024-HELA_CERVIX-delta_psi.tsv.gz ├── experimentally_derived_regulons_pruned-bulkscgenexpr │ ├── ENASFS-metaexperiment0-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENASFS-metaexperiment1-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENASFS-metaexperiment2-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENASFS-metaexperiment3-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENCOREKD-benchmark-delta_psi.tsv.gz │ ├── ENCOREKO-benchmark-delta_psi.tsv.gz │ ├── ReplogleWeissman2022-K562_essential-log2fc_genexpr.tsv.gz │ ├── ReplogleWeissman2022-K562_gwps-log2fc_genexpr.tsv.gz │ ├── ReplogleWeissman2022-rpe1-log2fc_genexpr.tsv.gz │ └── Rogalska2024-HELA_CERVIX-delta_psi.tsv.gz ├── experimentally_derived_regulons_pruned-scgenexpr │ ├── ReplogleWeissman2022-K562_essential-log2fc_genexpr.tsv.gz │ ├── ReplogleWeissman2022-K562_gwps-log2fc_genexpr.tsv.gz │ └── ReplogleWeissman2022-rpe1-log2fc_genexpr.tsv.gz └── experimentally_derived_regulons_pruned_w_viper_networks-EX ├── ENASFS-metaexperiment0-delta_psi.tsv.gz ├── ENASFS-metaexperiment1-delta_psi.tsv.gz ├── ENASFS-metaexperiment2-delta_psi.tsv.gz ├── ENASFS-metaexperiment3-delta_psi.tsv.gz ├── ENCOREKD-HepG2-delta_psi.tsv.gz ├── ENCOREKD-K562-delta_psi.tsv.gz ├── ENCOREKO-HepG2-delta_psi.tsv.gz ├── ENCOREKO-K562-delta_psi.tsv.gz └── Rogalska2024-HELA_CERVIX-delta_psi.tsv.gz 21 directories, 87 files

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