Transipedia

Nous travaillons sur une méthodologie innovante dont une 1er preuve de concept a été déposée dans BioRxiv et soumise à Genome Biology (Beissière  et al, 2024). Cette méthodologie a pour objectif de mettre mise à disposition des données de séquençage haut-débit à très grande échelle. Elle permet une exploration ou une re-exploration directe par le biologiste de milliers de données disponibles en accès public (200 000 dans SRA) qui ne sont pas facilement réutilisables sans procédure bioinformatique lourde. Ce concept est basé sur une analyse par "k-mer" (courte séquence nucléotidique) associé à un événement biologique (appelée sonde ou probe) qui est le point de départ de la requête. Cette sonde va être recherché et compté dans des milliers de kmers indexés par notre procédure. Le site Web Transipedia rend la solution interactive, rapide, précise et simple. Notre développement et notre procédure sont très bien positionnés dans le domaine de l'indexation des données de séquences et leur re-exploration pour des questions biologiques. A ce jour Transipedia est le seul serveur public qui renvoie en temps réel des tables d'expression pour des requêtes biologiques en interrogeant simultanément plusieurs milliers de données de séquences (équivalent de plusieurs dizaines de To). Transipedia est basé sur l'outil d'indexation Reindeer le 1er logiciel développé et publié dans ce domaine conçu pour explorer des données RNAseq.