Soybean Expression Atlas v2

<strong>Overview</strong> This directory contains important files created during the construction of the Soybean Expression Atlas v2. <br> <strong>Directory structure</strong> Here, you can find the following files: <br> - `se_atlas_gene.rda`: A *SummarizedExperiment* object containing gene-level transcript abundances in TPM and bias-corrected counts, which are stored in the `gene_TPM` and `gene_counts` assays, respectively. <br> - `se_atlas_transcript.rda`: A *SummarizedExperiment* object containing transcript-level transcript abundances in TPM and counts, which are stored in the `tx_TPM` and `tx_counts` assays, respectively. <br> - `equivalence_classes.tar.gz`: A compressed directory containing equivalence classes generated by salmon for all BioSamples. Equivalence classes are typically used for differential transcript usage analyses. <br> - `parquet_dir.tar.gz`: A partitioned .parquet directory with the gene-level transcript abundances in TPM and bias-corrected counts created with the *arrow* package. <br>## 概述 本目录包含大豆表达图谱v2构建过程中生成的关键文件。 ## 目录结构 您可在此找到以下文件： - `se_atlas_gene.rda`：一个*SummarizedExperiment*对象，存储了基因水平的转录本丰度数据（以TPM（Transcripts Per Million）值与偏差校正计数表示），二者分别存放在`gene_TPM`与`gene_counts`检测矩阵中。 - `se_atlas_transcript.rda`：一个*SummarizedExperiment*对象，存储了转录本水平的转录本丰度数据（以TPM值与计数表示），二者分别存放在`tx_TPM`与`tx_counts`检测矩阵中。 - `equivalence_classes.tar.gz`：一个压缩目录，包含由Salmon软件为所有生物样本生成的转录本等价类。此类等价类通常用于差异转录本使用量分析。 - `parquet_dir.tar.gz`：一个分区式Parquet格式目录，存储了通过Arrow包生成的基因水平转录本丰度数据（TPM值与偏差校正计数）。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

Soybean Expression Atlas v2 是一个于2023年发布的大豆基因表达图谱数据集，由Fabricio Almeida-Silva和THIAGO VENANCIO创建。该数据集包含基因水平和转录本水平的转录丰度数据（如TPM和计数），以及用于差异转录本使用分析的等价类文件，支持生物信息学方法开发，并以CC BY 4.0许可证开放共享。