Mitochondrial genome of Neuryurus rudis (Xenarthra, Cingulata); contribution to phylogeny and origin of glyptodonts

Este conjunto de datos fue generado en el marco del estudio “Mitochondrial genome of Neuryurus rudis (Xenarthra, Cingulata); contribution to phylogeny and origin of glyptodonts”. El objetivo fue reconstruir las relaciones evolutivas y los tiempos de divergencia entre gliptodontes extintos y armadillos actuales. Las muestras corresponden a material fósil y moderno, procesado para la extracción de ADN mitocondrial y su secuenciación mediante tecnología Illumina. Los datos fueron analizados con distintos enfoques filogenéticos, incluyendo máxima verosimilitud y métodos bayesianos. 2. Descripción de los datos Secuencias y alineamientos out.1.fastq y out.2.fastq: lecturas crudas pareadas generadas por secuenciación. read1_trimmed y read2_trimmed: lecturas filtradas y recortadas tras control de calidad. alineamiento total 23-6-21.fasta: alineamiento final de secuencias mitocondriales, combinando regiones homólogas entre especies fósiles y actuales. MAXIMUM TREE.tree: árbol filogenético obtenido por máxima verosimilitud. Secuencias: secuencias curadas utilizadas en los análisis comparativos. Archivos BEAST (análisis bayesianos) Conjuntos de archivos con fechas entre el 5/8/2021 y el 14/8/2021, correspondientes a corridas independientes de BEAST. .log: registros de ejecución MCMC con parámetros de convergencia y likelihood. .ops: configuración de operadores de muestreo bayesiano. .trees: árboles muestreados durante la cadena, usados para generar el árbol de consenso y las probabilidades posteriores. Cada corrida representa una replicación independiente del análisis de datación molecular y topología. 3. Obtención y procesamiento Las lecturas FASTQ se obtuvieron mediante secuenciación de ADN extraído de restos fósiles de Neuryurus rudis y de especies actuales de Cingulata. El filtrado se realizó con CutAdapt, el alineamiento con Muscle por defecto y la curación manual en Geneious Prime. El análisis filogenético se hizo por inferencia bayesiana utilizando el programa BEAST, usando un modelo de sustitución GTR+G+I, un reloj molecular relajado lognormal y calibraciones fósiles. La convergencia de las cadenas se evaluó en Tracer, y los árboles de consenso se generaron con TreeAnnotator. 4. Contribución científica Estos datos constituyen uno de los primeros conjuntos moleculares obtenidos de un gliptodonte, aportando evidencia directa sobre la posición filogenética de Neuryurus rudis dentro de los Cingulata. Las estimaciones bayesianas mostraron una alta probabilidad posterior (>0.95) para su relación con el linaje de los gliptodontes, respaldando la hipótesis de una divergencia temprana respecto de los armadillos modernos. Los resultados permiten refinar el marco temporal de la evolución de los Xenarthros y vincular información genética con evidencias paleontológicas. 5. Potencial de reutilización El dataset puede reutilizarse para: Reanálisis filogenómicos con nuevos modelos de sustitución o calibraciones temporales. Comparaciones con genomas completos mitocondriales o nucleares de especies actuales de Cingulata y Pilosa. Estudios de tasas evolutivas y conservación de secuencias proteicas entre linajes fósiles y modernos. Metaanálisis de dataciones moleculares en Xenarthros. El formato estándar de los archivos (FASTQ, FASTA, TREE, LOG, OPS) facilita su integración en repositorios abiertos como GenBank o Dryad, garantizando su trazabilidad y reutilización en investigaciones evolutivas futuras.