BIOGRID-MV|生物医学数据集|蛋白质相互作用数据集

BIOGRID数据集是一个生物医学领域的综合资源库，它包含了经过审核的蛋白质、遗传和化学相互作用信息。这个数据集是BIOGRID的Multi-Validated（MV）版本，它根据特定的选择标准进行了数据筛选，以确保数据质量。数据集中的每对交互实例都经过了序列映射的验证，优先使用SwissProt IDs。

AI搜集汇总

数据集介绍

构建方式

BIOGRID-MV数据集的构建采取了对BIOGRID数据库中的蛋白质相互作用数据进行筛选和验证的方式。该数据集仅包含那些A和B两个实体均具有映射序列的交互对，并且优先使用SwissProt ID进行实体标识。数据集的构建过程遵循了严格的生物信息学标准，确保了数据的质量和可用性。

使用方法

使用BIOGRID-MV数据集时，用户可以从HuggingFace的官方链接下载。数据集以默认配置提供，用户可以直接加载train分割进行训练或分析。在使用数据集时，建议遵循数据集的引用规范，以尊重原始数据贡献者的工作。

背景与挑战

背景概述

BIOGRID-MV数据集，源于生物信息学领域，由一系列专业的生物学家和研究人员共同开发，旨在为研究者提供详尽的生物分子交互信息。该数据集始建于2005年，经过多次更新迭代，现已成为版本4.4.243（发布于2025年2月）。BIOGRID-MV的核心研究问题聚焦于蛋白质、遗传和化学交互作用的精确记录与分类。该数据集在生物医药研究中具有重要地位，为相关领域的研究提供了强有力的数据支持，对推动生物信息学发展起到了积极作用。

当前挑战

BIOGRID-MV数据集在构建过程中面临的挑战主要包括：确保数据的质量和准确性，这要求对每对交互的实体进行序列映射，并优先使用SwissProt IDs。此外，数据集构建还需处理数据规模庞大、异质性强的难题，以及如何在保证数据完整性的同时，进行有效的数据压缩和存储。在研究领域问题上，BIOGRID-MV需解决的挑战包括如何提高蛋白质交互预测的准确性，以及如何在海量的生物分子交互数据中，挖掘出有价值的生物学规律和模式。

常用场景

经典使用场景

在生物信息学领域，BIOGRID-MV数据集被广泛用于蛋白质相互作用网络的研究。其经典使用场景在于，研究人员通过对数据集中蛋白质对的序列及其所属生物体信息的分析，探索不同生物体中蛋白质功能保守性与差异性。

解决学术问题

BIOGRID-MV数据集解决了蛋白质相互作用研究中数据准确性的问题。通过多版本验证（MV）的方式，该数据集仅包含经过验证的蛋白质相互作用对，为学术界提供了高质量的数据资源，有助于提高研究结果的可靠性。

实际应用

在实际应用中，BIOGRID-MV数据集可用于生物制药、疾病机理研究等领域。例如，通过分析数据集中的蛋白质相互作用信息，研究人员可以发掘新的药物靶点，为药物设计与开发提供重要依据。

数据集最近研究

最新研究方向

在生物信息学领域，蛋白质相互作用网络的研究是揭示细胞功能与疾病机制的关键。BIOGRID-MV数据集，作为生物网格数据库的多验证版，提供了经过严格筛选的蛋白质相互作用对，其包含了序列映射信息，为研究者提供了深入分析蛋白质功能与相互作用的宝贵资源。近期研究集中于利用BIOGRID-MV数据集进行网络拓扑结构的分析，蛋白质功能预测，以及疾病关联研究，这些研究对于理解复杂生物系统和精准医疗具有重要的理论与实践意义。