Genes_co-expressed_with_ZmME3.xlsx

Este archivo recopila 9497 genes coexpresados con ZmME3 en diferentes diseños experimentales provenientes de 10 clusters diferentes basados en datos transcriptómicos y proteómicos. Las filas están ordenadas según el número de identificadores (IDs) génicos asociados a cada versión del genoma de Zea mays B73, priorizando los genes con un ID génico presente en todas las versiones genómicas. De los 9497 genes, 6298 mantienen un ID génico en todas las versiones, lo que indica estabilidad en su anotación a lo largo de la evolución del genoma. Las columnas del archivo presentan una organización detallada de cada gen, incluyen IDs génicos y proteicos, IDs reportados en cada cluster, descripciones genéticas, aliases, referencias bibliográficas, datos de expresión (enriquecimiento en tejidos, especificidad en distintos órganos y tejidos, sensibilidad a estrés [abiótico y biótico], patrones de splicing), asignación de ortología con A. thaliana (5791 IDs de A. thaliana identificados), identificación de conservación de coexpresión con AtME1 (homóloga de ZmME3), lo que permitó identificar 59 genes relevantes en cuanto a la relación funcional conservada entre dicotiledónea-monocotiledónea con un Z-score de coexpresión mayor a 3. También se identifican genes de Z. mays que coexpresan con ZmME3 según la base de datos ATTED-II.
Adicionalmente, se identifican aquellos que en su secuencia promotora (2000 nt upstream) presentan motivos consenso específicos, en especial, una díada de ABREs similar a la encontrada en ZmME3, con el fin de evaluar una posible corregulación.
También se incluyenasignaciones propias de nombres y agrupaciones, generaadas a partir de intersecciones con clusters particulares, lo que permite resaltar a genes de mayor relevancia en 6 Grupos, facilitando la interpretación de las relaciones entre los genes coexpresados y la enzima ZmME3. Los nombres de genes marcados con un asterisco indican que su ID génico no es única en cada versión genómica. - - - - - - - - ENGLISH VERSION - - - - - - - - This file compiles 9,497 genes co-expressed with ZmME3 across different experimental designs, derived from 10 different clusters based on transcriptomic and proteomic data.
The rows are ordered according to the number of gene identifiers (IDs) associated with each version of the Zea mays B73 genome, prioritizing genes with a gene ID present in all genomic versions. Of the 9,497 genes, 6,298 retain a gene ID across all versions, indicating stability in their annotation throughout genome evolution.
The columns provide a detailed organization of each gene, including gene and protein IDs, IDs reported in each cluster, genetic descriptions, aliases, bibliographic references, expression data (tissue enrichment, specificity in various organs and tissues, stress sensitivity [abiotic and biotic], splicing patterns), orthology assignment with A. thaliana (5,791 A. thaliana IDs identified), and identification of conserved co-expression with AtME1 (the homolog of ZmME3). This analysis allowed the identification of 59 genes relevant to the conserved functional relationship between dicots and monocots, with a co-expression Z-score greater than 3.
Additionally, Z. mays genes co-expressed with ZmME3 according to the ATTED-II database are identified. The file also highlights genes whose promoter sequences (2,000 nt upstream) contain specific consensus motifs, particularly an ABRE dyad similar to that found in ZmME3, to assess potential co-regulation.
Furthermore, custom name assignments and groupings are included, generated from intersections with specific clusters. This approach helps emphasize genes of greater relevance within six Groups, facilitating the interpretation of relationships between co-expressed genes and the ZmME3 enzyme.
Gene names marked with an asterisk indicate that their gene ID is not unique across genomic versions.