遇见数据集

Mesmerize volumetric zebrafish dataset

收藏
DataCite Commons2025-06-01 更新2024-07-28 收录
官方服务:

资源简介:

Zebrafish volumetric calcium imaging dataset analyzed in Mesmerize and provided as a Mesmerize Project.<br>The file will decompress into 47.5GB.<br>decompress using pigz:<br><code>`pigz -dc zfish_proj.tar.gz | tar xf -`</code><br>If you cannot install pigz use tar, but it will be much slower:<br><code>`tar xvzf zfish_proj.tar.gz`</code><br>For information on Mesmerize please see:https://github.com/kushalkolar/MESmerize<br><br>For information on how the dataset is organized please see:http://docs.mesmerizelab.org/en/master/user_guides/general/misc.html#project-structure<br><br>Raw data was provided by Martin Haesemeyer from their paper: Haesemeyer M, Robson DN, Li JM, Schier AF, Engert F. A Brain-wide Circuit Model of Heat-Evoked Swimming Behavior in Larval Zebrafish. Neuron. 2018 May 16;98(4):817-831.e6. doi: 10.1016/j.neuron.2018.04.013. Epub 2018 May 3. PMID: 29731253; PMCID: PMC5985529.<br>Please note: The Mesmerize dataset provided here is not related to the analysis from their paper. It is merely a basic re-analysis of the raw data that was used for their paper.

本数据集为斑马鱼(Zebrafish)体积钙成像数据集,已通过Mesmerize软件完成分析,并以Mesmerize项目文件格式提供。 该文件解压后总大小为47.5GB。 可使用pigz工具进行解压,具体命令如下: `pigz -dc zfish_proj.tar.gz | tar xf -` 若无法安装pigz,可使用tar命令进行解压,但解压速度会显著变慢,具体命令如下: `tar xvzf zfish_proj.tar.gz` 如需了解Mesmerize软件的相关信息,请访问:https://github.com/kushalkolar/MESmerize 关于数据集的组织方式,请参阅:http://docs.mesmerizelab.org/en/master/user_guides/general/misc.html#project-structure 原始数据由Martin Haesemeyer提供,源自其发表的学术论文: Haesemeyer M, Robson DN, Li JM, Schier AF, Engert F. 《斑马鱼幼虫热诱发游泳行为的全脑环路模型》. 《神经元》. 2018年5月16日;98(4):817-831.e6. doi: 10.1016/j.neuron.2018.04.013. 2018年5月3日在线发表. PMID: 29731253; PMCID: PMC5985529. 请注意:本次提供的Mesmerize数据集与该论文中的分析工作并无关联,仅为对该论文所用原始数据的基础重分析结果。

提供机构:
figshare
创建时间:
2021-06-08
搜集汇总
数据集介绍
Mesmerize volumetric zebrafish dataset 数据集图片
以上内容由遇见数据集搜集并总结生成
二维码
社区交流群
二维码
科研交流群
商业服务