Sodium binding stabilizes the outward-open state of SERT by limiting bundle domain motions

Name: Sodium binding stabilizes the outward-open state of SERT by limiting bundle domain motions
Creator: Zenodo
Published: 2022-01-12T16:47:58+08:00

Zenodo2022-01-12 更新2026-05-25 收录

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Measured distances, angles, RMSD, RMSF, vestibule diameters and principal components along with the structural representations in pymol pse files and the manuscript images. The measurements have a 1ns time resolution. DATA_sodium_stabilize_SERT.zip ├── fig1 │ ├── fig1_v3.png │ ├── occ_3ions_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg │ ├── occ_Cl_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg │ ├── occ_ionless_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg │ ├── out_3ions_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg │ ├── out_Cl_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg │ └── out_ionles_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg ├── fig2 │ ├── distances_n_angles_fig2.pse │ ├── fig2_v2.png │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1b-TM9up.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1b-TM9up.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM1b-TM9up.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.TM1b-TM9up.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.TM1b-TM9up.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM1b-TM9up.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM1b-TM9up.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM1b-TM9up.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.TM1b-TM9up.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.TM1b-TM9up.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM1b-TM9up.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM1b-TM9up.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM1b-TM9up.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.TM1b-TM9up.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.TM1b-TM8down.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.TM1b-TM9up.dat │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1b-TM8down.dat │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1b-TM9up.dat │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1b-TM8down.dat │ ├── 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out_apo_nosalt_ionless.rep5.TM9-TM8-TM1b.dat │ └── out_apo_nosalt_ionless.rep5.TM9-TM8-TM6a.dat ├── fig4 │ ├── cluster_centr_250_500_concat_bundle-fit_bundle-measure_in_fig4.pse │ ├── fig4_v2.png │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM6a-TM6b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM6a-TM6b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM6a-TM6b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.TM6a-TM6b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.TM6a-TM6b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM6a-TM6b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM6a-TM6b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM6a-TM6b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.TM6a-TM6b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.TM6a-TM6b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM6a-TM6b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM6a-TM6b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM6a-TM6b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.TM6a-TM6b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.TM1a-TM1b.dat │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.TM6a-TM6b.dat │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1a-TM1b.dat │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.TM6a-TM6b.dat │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1a-TM1b.dat │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep2.TM6a-TM6b.dat │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep3.TM1a-TM1b.dat │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep3.TM6a-TM6b.dat │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep4.TM1a-TM1b.dat │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep4.TM6a-TM6b.dat │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep5.TM1a-TM1b.dat │ ├── 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concat_0_500_dt_RMSF_bundle_fit_bundle_measure_colored.pse │ ├── fig5_v3.png │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.concatenated_trajectories.rmsf_bundle_fitted_0_500_concat_protein.xvg │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.concatenated_trajectories.rmsf_bundle_fitted_0_500_concat_protein.xvg │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg │ ├── 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fig7_v2.png │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.radii_refitted.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.radii_refitted.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.radii_refitted.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.radii_refitted.dat │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.radii_refitted.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.radii_refitted.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.radii_refitted.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.radii_refitted.dat │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.radii_refitted.dat │ &nb

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