Effects of synonymous codons with optimization / deoptimization in nucleoprotein (NP) gene of influenza A virus on interaction between NP and TIRM25

核蛋白 （NP） 具有多种功能，参与甲型流感病毒 （IAV） 的生命周期。尽管 IAV NP 的同义密码子使用表现出相对可变的模式，但它表现出显着的偏差。在这里，我们首先验证了 IAV NP 和三联基序蛋白 25 （TRIM25） 之间的定向相互作用。使用 IAV PR8 的 NP 编码序列，我们用有利或罕见的同义密码子替换野生型 NP 编码序列中的所有密码子位置，以构建两个 NP 突变体：NP最佳和 NP稀有。与野生型 NP 的 mRNA 稳定性和翻译效率相比，两种 NP 突变体都表现出显着的损伤，尤其是 NP最佳。此外，与 TRIM25 和野生型 IAV NP 之间的相互作用相比，NPoptimal 完全失去了这种生物学功能，而 NPrare 仍然与 TRIM25 结合，尽管有显着损害。此外，由于同义密码子的变化，被确定为与 TRIM25 具有特异性相互作用的 IAV NP 的前段可能会受到显着损害。在某种程度上，这些结果解决了为什么同义密码子的强烈使用偏倚在 IAV NP 基因中仍然存在的问题，尽管同义密码子的使用存在差异。了解影响 mRNA 稳定性、翻译速度和折叠功能的同义密码子的变化为 IAV NP 的进化机制提供了新的见解。