MatrisomeDB

MatrisomeDB is a searchable collection of curated proteomic datasets focused on the analysis of the extracellular matrix (ECM) of healthy and diseased tissues. In brief ECM proteomics datasets are retrieved from public repositories and are reprocessed using unified search parameters and criteria to allow inter-study comparison. Users can search MatrisomeDB by inputting gene symbol(s), protein name(s), species, and/or tissue type(s). The output from the data reprocessing workflow is displayed in the form of a downloadable table and different hierarchically-clustered distribution heatmaps computing confidence scores and protein abundance. Additional features include peptide mapping on primary amino-acid sequences, domain-based representation of proteins, and 3D protein structures. Users are also provided with references to external databases including GeneCard, UniProt, the CPTAC assay portal, and the Peptide Atlas, and with link to original publications and raw mass spectrometry data files.

MatrisomeDB是一个经人工审核甄选的可检索蛋白质组数据集集合，聚焦于健康与病变组织的细胞外基质（extracellular matrix, ECM）分析。简言之，ECM蛋白质组数据集均从公共数据仓库中获取，并采用统一的搜索参数与判定标准进行重处理，以支持跨研究对比分析。用户可通过输入基因符号、蛋白质名称、物种以及/或组织类型对MatrisomeDB进行检索。数据重处理工作流的输出结果将以可下载表格的形式呈现，同时还会生成用于计算置信度得分与蛋白质丰度的分层聚类分布热图。额外功能包括蛋白质一级氨基酸序列上的肽段定位图谱、基于结构域的蛋白质表征展示，以及三维蛋白质结构。用户还可获取涵盖GeneCard、UniProt、CPTAC分析门户以及肽图谱数据库（Peptide Atlas）在内的外部数据库参考资源，同时获得原始研究文献与原始质谱数据文件的访问链接。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

MatrisomeDB是一个可搜索的精选蛋白质组学数据集集合，专注于健康和疾病组织细胞外基质（ECM）的分析。它通过统一参数处理数据以支持跨研究比较，并提供表格、热图、肽段映射等工具，同时链接外部数据库和原始数据文件。