REPIC

The REPIC (RNA EPItranscriptome Collection) database records about 10 million peaks called from publicly available m6A-seq and MeRIP-seq data . These data were collected from 672 samples of 49 studies, covering 61 cell lines or tissues in 11 organisms. REPIC allows users to query N6-methyladenosine (m6A) modification sites by specific cell lines or tissue types. In addition, it integrates m6A/MeRIP-seq data with 1418 histone ChIP-seq and 118 DNase-seq data tracks from the ENCODE project in a modern genome browser to present a comprehensive atlas of m6A methylation sites, histone modification sites, and chromatin accessibility regions.REPIC（RNA表观转录组数据库，RNA EPItranscriptome Collection）数据库收录了约1000万个从公开可用的m6A测序（m6A-seq）与甲基化RNA免疫沉淀测序（MeRIP-seq）数据中鉴定得到的修饰富集峰。该数据集来自49项研究的672个样本，覆盖11个物种的61种细胞系或组织。REPIC支持用户通过指定细胞系或组织类型查询N6-甲基腺嘌呤（m6A）修饰位点。此外，该数据库将m6A/MeRIP-seq数据与ENCODE项目的1418条组蛋白染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）数据轨道及118条DNase测序（DNase-seq）数据轨道整合至现代化基因组浏览器中，以全面展示m6A甲基化位点、组蛋白修饰位点与染色质开放区域的综合调控图谱。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

REPIC是一个专注于N6-腺苷甲基化（m6A）修饰研究的数据库，它整合了来自公共m6A-seq和MeRIP-seq数据的超过1400万个峰值，这些数据基于约700个样本和50项公共研究，覆盖11个物种的61种细胞系或组织。该数据库允许用户查询特定细胞系或组织类型的m6A修饰位点，并通过集成ENCODE项目的组蛋白ChIP-seq和DNase-seq数据，在基因组浏览器中提供m6A修饰、组蛋白修饰和染色质可及性区域的综合图谱。