AIMaP

Integrating the protein- and RNA-interactomes, we found that SARS-CoV-2 RNA and its N protein closely interacted with stress granules including 40 core factors, of which we specifically validated G3BP1, IGF2BP1, and MOV10 using RIP and Co-IP assays. Combining CRISPR screening results, we further identified 86 antiviral and 62 proviral factors and associated drugs. Using network diffusion, we found additional 44 interacting proteins including two proviral factors previously validated. Furthermore, we showed that this atlas could be applied to identify the complications associated with COVID-19.我们整合蛋白质相互作用组（protein-interactome）与RNA相互作用组（RNA-interactome），发现新型冠状病毒（SARS-CoV-2）RNA及其核衣壳蛋白（N protein）可与应激颗粒（stress granules）发生紧密相互作用，涉及40种核心因子；我们通过RNA免疫沉淀（RNA Immunoprecipitation，RIP）与免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）实验，对其中的G3BP1、IGF2BP1及MOV10进行了特异性验证。结合CRISPR筛选（CRISPR screening）结果，我们进一步鉴定出86种抗病毒因子与62种促病毒因子，并匹配了相关药物。通过网络扩散（network diffusion）分析，我们还额外发现了44种相互作用蛋白，其中包含2种此前已验证的促病毒因子。此外，本研究证实该相互作用图谱可用于识别新型冠状病毒肺炎（COVID-19）相关并发症。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

AIMaP是一个数据库和网络服务器，旨在提供SARS-CoV-2大分子与宿主蛋白质相互作用的图谱。它整合了高通量数据，包含23,050个蛋白质-蛋白质相互作用和500个RNA-蛋白质相互作用，并融合了蛋白质定位和药物-基因相互作用信息，以支持用户探索相关交互网络。