Genomic Observatories Meta-Database

The Genomic Observatories Meta-Database (GEOME) is a web-based database that captures the who, what, where, and when of biological samples and associated genetic sequences. GEOME helps users with the following goals: ensure the metadata from your biological samples is findable, accessible, interoperable, and reusable; improve the quality of your data and comply with global data standards; and integrate with R, ease publication to NCBI's sequence read archive, and work with an associated LIMS. The initial use case for GEOME came from the Diversity of the Indo-Pacific Network (DIPnet) resource.

基因组观测元数据库（Genomic Observatories Meta-Database，GEOME）是一款基于网页的数据库，可收录生物样本及其关联基因序列的采集责任者、样本详情、采集地点与时间信息。该数据库可帮助用户达成以下目标：确保用户的生物样本元数据符合可发现、可访问、可互操作与可复用的要求；提升数据质量并遵循全球数据标准规范；支持与R语言集成，便于向NCBI序列读取存档库提交数据，且可配合关联的实验室信息管理系统（LIMS）使用。该数据库的首个应用场景源自印太生物多样性网络（Diversity of the Indo-Pacific Network，DIPnet）资源项目。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

GEOME（Genomic Observatories Meta-Database）是一个基于网络的现场信息管理系统，专门用于捕获生物样本和基因序列的元数据（包括人员、内容、地点、时间），以支持数据可查找、可访问、可互操作和可重用。它通过验证、标识符管理和工作流连接，帮助用户从样本收集到分析和发布的全过程，确保数据质量并遵守全球标准，同时集成R等工具并支持与NCBI序列读取档案的交互。