five

Data from: Identification and qualification of 500 nuclear, single-copy, orthologous genes for the Eupulmonata (Gastropoda) using transcriptome sequencing and exon-capture

收藏
DataONE2016-05-24 更新2024-06-26 收录
下载链接:
https://search.dataone.org/view/null
下载链接
链接失效反馈
资源简介:
The qualification of orthology is a significant challenge when developing large, multi-loci phylogenetic datasets from assembled transcripts. Transcriptome assemblies have various attributes, such as fragmentation, frameshifts, and mis-indexing, which pose problems to automated methods of orthology assessment. Here, we identify a set of orthologous single-copy genes from transcriptome assemblies for the land snails and slugs (Eupulmonata) using a thorough approach to orthology determination involving manual alignment curation, gene tree assessment and sequencing from genomic DNA. We qualified the orthology of 500 nuclear, protein coding genes from the transcriptome assemblies of 21 eupulmonate species to produce the most complete gene data matrix for a major molluscan lineage to date, both in terms of taxon and character completeness. Exon-capture of the 500 genes for 22 species of Australian Camaenidae successfully captured sequences of 2,825 exons, with only a 3.7% reduction in the data matrix due to the presence of putative paralogs or pseudogenes. The automated pipeline Agalma retrieved the majority of the manually qualified 500 single-copy gene set and identified a further 375 putative single-copy genes, although it failed to account for fragmented transcripts resulting in lower data matrix completeness. This could potentially explain the minor inconsistencies we observed in the supported topologies for the 21 eupulmonate species between the manually curated and Agalma-equivalent dataset (sharing 458 genes). Overall, our study confirms the utility of the 500 gene set to resolve phylogenetic relationships at a broad range of evolutionary depths, and highlights the importance of addressing fragmentation at the homolog alignment stage.
创建时间:
2016-05-24
用户留言
有没有相关的论文或文献参考?
这个数据集是基于什么背景创建的?
数据集的作者是谁?
能帮我联系到这个数据集的作者吗?
这个数据集如何下载?
点击留言
数据主题
具身智能
数据集  4099个
机构  8个
大模型
数据集  439个
机构  10个
无人机
数据集  37个
机构  6个
指令微调
数据集  36个
机构  6个
蛋白质结构
数据集  50个
机构  8个
空间智能
数据集  21个
机构  5个
5,000+
优质数据集
54 个
任务类型
进入经典数据集
热门数据集

China Health and Nutrition Survey (CHNS)

China Health and Nutrition Survey(CHNS)是一项由美国北卡罗来纳大学人口中心与中国疾病预防控制中心营养与健康所合作开展的长期开放性队列研究项目,旨在评估国家和地方政府的健康、营养与家庭计划政策对人群健康和营养状况的影响,以及社会经济转型对居民健康行为和健康结果的作用。该调查覆盖中国15个省份和直辖市的约7200户家庭、超过30000名个体,采用多阶段随机抽样方法,收集了家庭、个体以及社区层面的详细数据,包括饮食、健康、经济和社会因素等信息。自2011年起,CHNS不断扩展,新增多个城市和省份,并持续完善纵向数据链接,为研究中国社会经济变化与健康营养的动态关系提供了重要的数据支持。

www.cpc.unc.edu 收录

CTD (Comparative Toxicogenomics Database)

CTD是一个综合性的数据库,旨在通过整合基因、化学物质、疾病和环境暴露的数据,来促进对环境因素与人类疾病之间关系的理解。该数据库包括化学物质与基因的相互作用、化学物质与疾病的关联、基因与疾病的关联以及化学物质与环境暴露的关联。CTD还提供数据下载、API访问和在线查询工具。

ctdbase.org 收录

RDD2022

RDD2022是一个多国图像数据集,用于自动道路损伤检测,由印度理工学院罗凯里分校交通系统中心等机构创建。该数据集包含来自六个国家的47,420张道路图像,标注了超过55,000个道路损伤实例。数据集通过智能手机和高分辨率相机等设备采集,旨在通过深度学习方法自动检测和分类道路损伤。RDD2022数据集的应用领域包括道路状况的自动监测和计算机视觉算法的性能基准测试,特别关注于解决多国道路损伤检测的问题。

arXiv 收录

中国1km分辨率逐月降水量数据集(1901-2024)

该数据集为中国逐月降水量数据,空间分辨率为0.0083333°(约1km),时间为1901.1-2024.12。数据格式为NETCDF,即.nc格式。该数据集是根据CRU发布的全球0.5°气候数据集以及WorldClim发布的全球高分辨率气候数据集,通过Delta空间降尺度方案在中国降尺度生成的。并且,使用496个独立气象观测点数据进行验证,验证结果可信。本数据集包含的地理空间范围是全国主要陆地(包含港澳台地区),不含南海岛礁等区域。为了便于存储,数据均为int16型存于nc文件中,降水单位为0.1mm。 nc数据可使用ArcMAP软件打开制图; 并可用Matlab软件进行提取处理,Matlab发布了读入与存储nc文件的函数,读取函数为ncread,切换到nc文件存储文件夹,语句表达为:ncread (‘XXX.nc’,‘var’, [i j t],[leni lenj lent]),其中XXX.nc为文件名,为字符串需要’’;var是从XXX.nc中读取的变量名,为字符串需要’’;i、j、t分别为读取数据的起始行、列、时间,leni、lenj、lent i分别为在行、列、时间维度上读取的长度。这样,研究区内任何地区、任何时间段均可用此函数读取。Matlab的help里面有很多关于nc数据的命令,可查看。数据坐标系统建议使用WGS84。

国家青藏高原科学数据中心 收录

China Air Quality Historical Data

该数据集包含了中国多个城市的空气质量历史数据,涵盖了PM2.5、PM10、SO2、NO2、CO、O3等污染物浓度以及空气质量指数(AQI)等信息。数据按小时记录,提供了详细的空气质量监测数据。

www.cnemc.cn 收录