PomBase|生物信息学数据集|基因组学数据集

www.pombase.org2024-10-29 收录

生物信息学

基因组学

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资源简介：

PomBase是一个专门为裂殖酵母（Schizosaccharomyces pombe）提供基因组信息和注释的数据库。它包含了基因组序列、基因功能注释、蛋白质相互作用、遗传突变、表达数据等信息。PomBase还提供了基因查询、注释下载和数据可视化工具。

提供机构：

www.pombase.org

AI搜集汇总

数据集介绍

构建方式

PomBase数据集的构建基于对酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）基因组和相关生物学数据的全面整合。该数据集通过自动化和人工审核相结合的方式，系统地收集和整理了来自基因组学、转录组学、蛋白质组学等多个层面的数据。构建过程中，PomBase团队与多个国际研究机构合作，确保数据的准确性和完整性，同时引入了最新的生物信息学工具和技术，以提高数据处理和分析的效率。

特点

PomBase数据集以其高度结构化和标准化的数据格式著称，涵盖了基因、蛋白质、代谢途径、遗传互作等多个方面的详细信息。该数据集不仅提供了丰富的实验数据，还整合了大量的文献信息，使得用户能够追溯数据的来源和背景。此外，PomBase还提供了强大的搜索和查询功能，支持用户根据基因名称、功能注释、通路信息等多种条件进行数据检索，极大地提高了数据的可访问性和利用率。

使用方法

PomBase数据集的使用方法多样，适用于不同层次和领域的研究人员。用户可以通过其友好的网页界面直接访问和查询数据，也可以通过API接口进行编程访问，实现数据的自动化处理和分析。对于基因组学研究者，PomBase提供了详细的基因注释和功能预测信息；对于生物信息学研究者，数据集的标准化格式和丰富的元数据支持复杂的统计分析和模型构建。此外，PomBase还提供了数据下载功能，用户可以根据需要下载完整或部分数据集，进行离线分析和研究。

背景与挑战

背景概述

PomBase，作为酵母基因组数据库，由剑桥大学和欧洲生物信息学研究所共同维护，自2006年创建以来，已成为酵母生物学研究的核心资源。该数据库整合了丰富的基因组数据、基因表达信息和蛋白质相互作用网络，旨在为研究人员提供全面的酵母基因组信息。PomBase不仅支持基础生物学研究，还在药物开发和生物技术应用中发挥了重要作用，极大地推动了酵母相关领域的科学进展。

当前挑战

尽管PomBase在酵母基因组研究中具有重要地位，但其构建和维护仍面临诸多挑战。首先，数据整合的复杂性要求高度的数据标准化和一致性，以确保信息的准确性和可用性。其次，随着基因组测序技术的快速发展，数据量的急剧增加对数据库的存储和处理能力提出了更高要求。此外，用户界面的友好性和数据检索的效率也是持续改进的重点，以满足不同研究者的需求。

发展历史

创建时间与更新

PomBase，作为酵母基因组数据库，创建于2006年，旨在整合和提供关于酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）的全面基因组信息。该数据库自创建以来，持续进行更新和扩展，以反映最新的科学发现和技术进步。

重要里程碑

PomBase的重要里程碑之一是其在2012年完成了对酵母基因组注释的全面更新，引入了高质量的基因模型和功能注释，极大地提升了数据的可信度和可用性。此外，PomBase在2015年推出了新的用户界面和高级搜索工具，使用户能够更便捷地访问和分析数据。2018年，PomBase进一步整合了多组学数据，包括转录组和蛋白质组数据，为研究者提供了更为全面的基因组学资源。

当前发展情况

当前，PomBase继续作为酵母基因组学研究的核心资源，不断更新和扩展其数据库内容，以适应快速发展的生物信息学领域。PomBase不仅提供了详细的基因组注释和功能信息，还通过与其他数据库和工具的整合，增强了数据的可访问性和分析能力。此外，PomBase积极参与国际合作，推动酵母基因组学的标准化和数据共享，为全球研究者提供了宝贵的资源和平台，极大地促进了酵母生物学及相关领域的研究进展。

发展历程

PomBase首次发表，作为酵母基因组数据库，专注于提供关于酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）的详细基因组信息。
2007年
PomBase进行了重大更新，引入了新的数据整合和可视化工具，增强了用户交互体验。
2012年
PomBase开始整合来自其他数据库的基因组注释和功能数据，进一步丰富了其内容。
2015年
PomBase推出了新的API接口，使得研究人员能够更方便地访问和分析数据。
2018年
PomBase发布了其最新的基因组注释版本，包含了更多的基因功能预测和实验验证数据。
2020年

常用场景

经典使用场景

在分子生物学领域，PomBase数据集以其对酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）基因组和蛋白质组信息的全面覆盖而著称。该数据集不仅包含了基因的序列信息，还整合了基因的功能注释、蛋白质相互作用网络以及基因表达数据。研究者常利用PomBase进行基因功能预测、蛋白质相互作用分析以及基因表达调控网络的构建，从而深入理解酵母细胞的生物学过程。

衍生相关工作

PomBase数据集的广泛应用催生了众多相关研究工作。例如，基于PomBase的基因表达数据，研究者开发了多种基因表达分析工具，用于识别基因调控网络中的关键节点。此外，PomBase还促进了蛋白质相互作用数据库的构建和更新，推动了蛋白质组学的发展。这些衍生工作不仅丰富了分子生物学的研究工具库，也为跨学科研究提供了新的视角和方法。

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