A common mouse fMRI resource through unified preprocessing

This is a collection of mouse resting-state fMRI datasets collected by Dr. J. Grandjean in two laboratories (ETH Zurich, Singapore Bioimaging Consortium). The datasets were processed using a common pipeline (see Associated analysis tools). The datasets contain both control animals and experimental animals (transgenic models for Alzheimer's disease, chronic stress model for depression).
data/ contains preprocessed NIFTI into common space
diagnostic/ contains QA summary
motion/ contains motion parameters
template/ contains the AIBS template and mask resampled at 200um
timeseries/ contains time series extracted using an AIBS-derived atlas
atlas.tsv and .json contain the atlas region-of-interest list and description
participants.tsv and .json contain the study participants list and description

本数据集为J. Grandjean博士于两处实验室（瑞士苏黎世联邦理工学院（ETH Zurich）、新加坡生物成像联盟（Singapore Bioimaging Consortium））采集的小鼠静息态功能磁共振成像（fMRI）数据集合集。所有数据集均采用统一预处理流程进行处理（详见配套分析工具）。数据集涵盖对照组动物与实验组动物，其中实验组动物包含阿尔茨海默病转基因模型、抑郁症慢性应激模型两类。
`data/` 目录存放已配准至标准空间的预处理NIFTI格式数据；
`diagnostic/` 目录存放质量评估（QA）总结文件；
`motion/` 目录存放头动参数文件；
`template/` 目录存放经200μm重采样的艾伦脑科学研究所（AIBS）模板及掩膜文件；
`timeseries/` 目录存放基于AIBS衍生图谱提取的时间序列数据；
`atlas.tsv` 及配套`.json`文件包含图谱感兴趣区（ROI）列表与说明文档；
`participants.tsv` 及配套`.json`文件包含研究受试者列表与说明文档。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集是一个统一预处理的小鼠静息态fMRI资源，由J. Grandjean博士收集自两个实验室（ETH Zurich和Singapore Bioimaging Consortium），包含对照组和实验组（如阿尔茨海默病和抑郁模型）数据。数据经过标准化处理，提供预处理NIFTI文件、运动参数、时间序列及参与者和图谱描述，便于神经科学研究使用。