depinwang/jinyang-quantas-psi-canary-s1-psi-v1

金丝雀PSI矩阵（策略1：6个伪大块）针对6种AS事件类型。总共10个细胞。由于使用单细胞伪大块的--min-cov 10过滤器，预期非NA率较低。license: MIT tags: - 金丝雀（canary） - Quantas - 剪接百分比（Percent Spliced In，PSI） - 策略1（strategy-1） # jinyang-quantas-psi-canary-s1-psi-v1 本数据集包含6种可变剪接（Alternative Splicing，AS）事件类型的金丝雀PSI（Percent Spliced In，PSI）矩阵（策略1：6个伪bulk样本），总计涵盖10个细胞。由于采用了针对单细胞伪bulk样本的`--min-cov 10`过滤规则，预计非缺失值占比偏低。 ## 数据集信息 - **行数**：38240 - **列数**：8 ## 列信息 | 列名 | 数据类型 | 描述 | |------|----------|------| | #event_id | 大字符串（large_string） | 未提供说明 | | HFD1 | float64浮点型 | HFD组1的PSI值（3个细胞的金丝雀样本） | | HFD2 | float64浮点型 | HFD组2的PSI值（1个细胞的金丝雀样本） | | HFD3 | float64浮点型 | HFD组3的PSI值（1个细胞的金丝雀样本） | | ND1 | float64浮点型 | ND组1的PSI值（2个细胞的金丝雀样本） | | ND2 | float64浮点型 | ND组2的PSI值（1个细胞的金丝雀样本） | | ND3 | float64浮点型 | ND组3的PSI值（2个细胞的金丝雀样本） | | event_type | 大字符串（large_string） | AS事件类型（cass/taca/alt5/alt3/mutx/iret） | ## 生成参数 json { "script_name": "canary_aggregate.sh", "model": "OLego v1.1.2 + Quantas流程", "description": "本数据集包含6种可变剪接（Alternative Splicing，AS）事件类型的金丝雀PSI（Percent Spliced In，PSI）矩阵（策略1：6个伪bulk样本），总计涵盖10个细胞。由于采用了针对单细胞伪bulk样本的`--min-cov 10`过滤规则，预计非缺失值占比偏低。", "experiment_name": "jinyang-quantas-psi", "cluster": "turso（登录节点）", "artifact_status": "部分完成", "canary": true, "hyperparameters": { "event_types": [ "cass", "taca", "alt5", "alt3", "mutx", "iret" ], "strategy": "策略1（按个体分组）", "groups": [ "HFD1", "HFD2", "HFD3", "ND1", "ND2", "ND3" ], "cells": 10, "min_coverage": 10 }, "input_datasets": [] } ## 使用示例 python from datasets import load_dataset dataset = load_dataset("depinwang/jinyang-quantas-psi-canary-s1-psi-v1", split="train") print(f"已加载 {len(dataset)} 行数据")