13偶极环加成计算数据集

# 1,3-Dipolar Cycloaddition (3+2) Computational Reaction Dataset 一个**自行生成**的 1,3-偶极环加成（3+2 环加成）计算化学数据集： 从偶极体/亲偶极体 SMILES 出发，枚举反应、生成三维结构、并准备量化计算输入。 仓库同时包含生成这些数据的 Python 脚本，便于复现。 - **来源**：完全由作者的计算工作流自动生成（SMILES 枚举 → 三维结构生成 → Gaussian 输入），**无第三方受限数据**。 - **体量**：约 1,260 文件 / 2.7 MB；**818 个 `.xyz` 三维结构** + **423 个 `.gjf` Gaussian 输入** + 反应/产物 CSV + 生成脚本。 - **安全**：已逐文件核查（含 office 文档解包扫描），无密钥 / 内网 IP / 绝对路径 / 隐私信息。 ## 目录结构 ``` . ├── 00_inputs/ # 反应物清单（SMILES） │ ├── dipoles_3.csv # 1,3-偶极体（含 label） │ ├── dipolarophiles_2.csv # 亲偶极体（烯 / Ene） │ └── 15.py # 输入整理脚本 ├── 01_reactions/ # 枚举出的反应与产物 │ ├── products*.csv # Reaction_ID, Dipole/Alkene SMILES, Product_SMILES, Status... │ └── 3plus2_final.py # 反应枚举脚本 ├── 03_structures_xyz/ # 三维结构与 Gaussian 输入（数据主体） │ ├── *.py # SMILES→xyz、xyz→gjf 批处理脚本 │ ├── Di22.xlsx # 产物命名/索引表 │ └── xyz_out/ # 818 个 .xyz 三维结构 │ └── gjf_ts/ # 423 个 .gjf（优化 / TS 两步） └── 05_sp_highlevel/ # 高精度单点计算输入模板（test.inp） ``` ## 字段说明（`01_reactions/products*.csv`） `Reaction_ID, Dipole_ID, Dipole_SMILES, Alkene_ID, Alkene_SMILES, Product_Index, Product_SMILES, Product_SMILES_Kekule, Status, Error` ## 用途 反应可行性 / 区域选择性建模、3+2 环加成结构-活性研究、量化计算基准、几何 / 描述符特征提取的原料。 ## 生成管线 SMILES 反应枚举 → 三维结构生成（含金属配位体系重试）→ 导出 `.xyz` → 生成 Gaussian `.gjf`（优化 / 两步 TS）→ 高精度单点。 （中间运行目录与日志已剔除；仅保留数据产物与生成脚本。） ## 许可 自产数据，采用 **CC-BY-4.0**：使用请署名。