genomic-bioimaging
收藏资源简介：
这是一个通过全基因组RNAi筛选和多重参数成像对表型群体进行聚类的研究数据集。该数据集包含了在人类细胞中进行全基因组RNAi筛选的结果，使用高吞吐量成像得到的定量描述符来生成多重参数表型轮廓。通过表型相似性，这些轮廓可以预测基因的功能。数据集由 Dundee大学整理，并由多个资助机构支持。
This is a research dataset focused on clustering phenotypic populations through genome-wide RNAi screening and multi-parameter imaging. It encompasses the outcomes of genome-wide RNAi screening conducted in human cells, where quantitative descriptors derived from high-throughput imaging are used to generate multi-parameter phenotypic profiles. These profiles enable the prediction of gene functions based on phenotypic similarity. The dataset was curated by the University of Dundee and supported by multiple funding agencies.
数据集概述
基本信息
- 数据集名称：Clustering phenotype populations by genome-wide RNAi and multiparametric imaging
- 数据集类型：生物成像数据
- 数据格式：16位PNG图像、CSV表格、JSON-LD对象
- 数据规模：10M-100M
- 语言：英语
- 许可证：CC BY-NC-ND 4.0
研究背景
- 研究目的：通过表型相似性聚类基因并预测功能
- 实验方法：对HeLa细胞进行22,839次siRNA介导的基因敲除，通过高通量成像生成多参数表型谱
- 应用价值：发现新基因功能，探索功能关系，预测生物学过程和功能
数据来源
- 数据生产者：Florian Fuchs, Gregoire Pau, Dominique Kranz, Oleg Sklyar, Christoph Budjan, Sandra Steinbrink, Thomas Horn, Angelika Pedal, Wolfgang Huber, Michael Boutros
- 数据管理：University of Dundee
- 资金来源：BBSRC、Euro-BioImaging、Global BioImaging Project、CORBEL、Wellcome Trust
数据存储
- 主要存储库：IDR、Bioimage Archive
- 原始论文：https://doi.org/10.1038/msb.2010.25
- 实验信息：https://uk1s3.embassy.ebi.ac.uk/bia-integrator-data/pages/S-BIAD845.html
数据结构
- 组织结构：遵循OMERO的高内涵筛选结构（屏幕-板-孔）
- 图像格式：从OME-Zarr转换的16位PNG
- 元数据格式：CSV表格和JSON-LD对象
- 注释文件：https://github.com/IDR/idr0012-fuchs-cellmorph/tree/master/screenA
应用领域
- 生物成像的机器学习流程
- 药物筛选数据
注意事项
- 注意图像工具（如OpenCV）可能自动转换为8位
- 原始Zarr文件具有更好的分辨率和延迟加载能力
- 实验可能存在错误或伪影
引用信息
BibTeX: @article{fuchs2010clustering, title={Clustering phenotype populations by genome-wide RNAi and multiparametric imaging}, author={Fuchs, Florian and Pau, Gregoire and Kranz, Dominique and Sklyar, Oleg and Budjan, Christoph and Steinbrink, Sandra and Horn, Thomas and Pedal, Angelika and Huber, Wolfgang and Boutros, Michael}, journal={Molecular systems biology}, volume={6}, number={1}, pages={370}, year={2010}, publisher={John Wiley & Sons, Ltd Chichester, UK} }
APA: Fuchs, F., Pau, G., Kranz, D., Sklyar, O., Budjan, C., Steinbrink, S., ... & Boutros, M. (2010). Clustering phenotype populations by genome‐wide RNAi and multiparametric imaging. Molecular systems biology, 6(1), 370.
联系方式
- 数据集联系人：Stefan Dvoretskii
- 联系人网站：https://steved.netlify.app/
