Transcriptional profiling of striatum from a mouse model of Huntington's disease (Q140) crossed with Msh3 heterozygous and homozygous mice [Msh3 snRNA-seq]

Striatum was isolated from 12-month-old Msh3+/- and Msh3-/- mice crossed with the Q140 knock-in (KI) HD mice and their respective controls. Transcriptomic analysis (snRNASeq) was performed on 6 genotypes: WT, Q140, Msh3+/-, Q140 X Msh3+/-, Msh3-/-, and Q140 X Msh3-/-, 4 replicates per genotype. snRNASeq analysis was performed on samples from the striatum tissues of 12-month-old wild type, Q140, Msh3+/-, Q140 X Msh3+/-, Msh3-/-, and Q140 X Msh3-/- mice. N = 4 per group (2M/2F).研究人员从与Q140敲入（KI）亨廷顿舞蹈症（HD）小鼠及其对应野生型对照交配获得的12月龄Msh3+/-与Msh3-/-小鼠体内分离纹状体（Striatum）。本研究采用单细胞核RNA测序（snRNASeq）技术对6种基因型的样本开展转录组学分析，涉及的基因型包括野生型（WT）、Q140、Msh3+/-、Q140×Msh3+/-、Msh3-/-以及Q140×Msh3-/-，每种基因型设置4个生物学重复。本次分析的样本均来自12月龄上述6种基因型小鼠的纹状体组织，每组样本量为4（2只雄性，2只雌性）。